【摘 要】
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目的:对云南省小型哺乳动物携带丙型肝炎病毒属(Hepacivirus,HEPV)病毒进行调查研究,阐明云南省小型哺乳动物携带HEPV病毒的流行现状和遗传进化。方法:采用HEPV的通用检测引物,用逆转录聚合酶链式反应(Reverse Transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)对采集的小型哺乳动物样本进行病毒核酸检测,调查HEPV在小型哺乳动物中的感
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目的:对云南省小型哺乳动物携带丙型肝炎病毒属(Hepacivirus,HEPV)病毒进行调查研究,阐明云南省小型哺乳动物携带HEPV病毒的流行现状和遗传进化。方法:采用HEPV的通用检测引物,用逆转录聚合酶链式反应(Reverse Transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)对采集的小型哺乳动物样本进行病毒核酸检测,调查HEPV在小型哺乳动物中的感染现状;参考扩增序列,设计特异性引物,采用定量PCR进行HEPV病毒的组织嗜性研究;通过高通量测序获取HEPV病毒全基因组;应用Cluster W和MAGE7.0生物信息学软件对HEPV病毒进行相似性分析并建立系统进化树。结果:本调查研究2016-2017年在云南省12个县(区、市)共捕获13属22种1597只小型哺乳动物。对这些小型哺乳动物进行了HEPV病毒检测,感染率为0.13%(2/1597),感染宿主动物为长尾大麝鼩(Crocidura dracula),长尾大麝鼩中HEPV的感染率为12.5%(2/16)。检测到的2份阳性样品分别命名为Crocidura dracula dracula/NJ12-2017和Crocidura dracula dracula/XY174-2017;扩增Crocidura dracula/NJ12-2017序列,与MF775363.1相似度最高,氨基酸水平同源性为69.25%。定量PCR表明HEPV病毒在肝脏中的拷贝数最高。获得的Crocidura dracula dracula/NJ12-2017 HEPV病毒全基因组序列,进行序列比对和遗传进化分析提示,氨基酸水平与已报道的HEPV病毒的相似度较低,为36.548%-43.59%;在系统发生树上,本研究获得的HEPV病毒独立于其他病毒,独立成为一个分支。结论:在云南省长尾大麝鼩中首次发现一种新型HEPV病毒,病毒的靶器官为肝脏组织。
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