本研究采用SSR标记技术对国家果树种质南京桃资源圃中收集保存的34份观赏桃种质及7份桃的近缘种和毛桃，24份桃砧木种质分别进行了遗传多样性鉴定和亲缘关系分析，以期为观赏桃和桃砧木种质的利用和系统演化提供分子依据。　　 ⑴观赏桃亲缘关系的SSR鉴定结果：以34份观赏桃品种、7份桃的近缘种和毛桃共42份种质为试材，利用16对SSR引物进行观赏桃遗传多样性及亲缘关系分析。SSR结果表明：16对SSR引物共获得124条带，多态率达87.99％。每对引物扩增的条带为4-13条，平均每对引物扩增的条带数为7.75条。利用NTSYS软件进行的UPGMA聚类分析结果表明，将材料分为8类，第Ⅰ类全部是碧桃；第Ⅱ类包括碧桃、垂枝桃、寿星桃；第Ⅲ类为直枝桃类中的菊花桃，单独聚为一类；第Ⅳ新疆桃1号；第Ⅴ为黄金美丽；第Ⅵ为柱形桃，包括白花柱形桃、红花柱形桃、粉花柱形桃；第Ⅶ类为6份桃的近缘种和毛桃；第Ⅷ类为光核桃。第Ⅰ类均为直枝型碧桃、第Ⅱ类中所有垂枝桃均聚在了一起，说明观赏桃品种的枝型是相当重要的特征。第Ⅱ类中9个碧桃与这5个垂枝桃、3个寿星桃聚在一起，说明它们有较近的亲缘关系，可能碧桃、垂枝桃、寿星桃之间存在基因渗透。笫Ⅲ类菊花桃单独聚为一类，说明与其它观赏桃品种相比，具有独特的遗传背景，为我国特有的种质资源，建议列为重点保护种质。第Ⅵ类中三份柱形桃为国外引进种质，拥有明显的主干，树型高耸，树冠窄，枝条直上，开张度小，占地面积小。SSR结果显示，这三份柱形桃聚为一类，说明柱形桃树型具有独特性，与形态学分类一致。碧桃被分为四类，说明碧桃品种群遗传背景较为丰富。　　 ⑵桃砧木亲缘关系的SSR鉴定结果：以24份桃砧木种质为试材，筛选出的17对SSR引物进行桃砧木遗传多样性及亲缘关系分析。SSR结果表明：在24份种质中均能获得清晰的条带，共扩增出153条带，多态性位点百分率达到94.87％，每对引物扩增的条带数为2-15条不等，平均每对引物扩增的条带数为8.08条。利用NTSYS软件进行的UPGMA聚类分析结果表明，材料分为7大类。第Ⅰ类包括18个品种，均为普通桃，可分为2个亚类：Ⅰ-1亚类为国外育成砧木品种；Ⅰ-2亚类除西伯利亚C外均为中国砧木品种。第Ⅱ-Ⅶ类分别为帚形山桃、陕甘山桃、白花山桃、红花山桃、甘肃桃、光核桃。第Ⅰ类中的Ⅰ-1亚类，不同国家的桃砧木品种，没有明显的界限，彼此有交叉现象，可能国外进入有目的的砧木杂交育种后，品种交流机会较多，种质类型间的基因渗透加快，品种分化趋于复杂。国外砧木相似性系数很高，这与国外的桃品种大多数利用中国少数品种育成，因此遗传基础比较狭窄的结论相符合。第Ⅱ-Ⅶ类包括6份野生近缘种，明显区别于第Ⅰ类中的普通桃，聚在外围，说明野生近缘种长时间采用实生繁殖，未经人工驯化，与国外育成品种基因交流少。