本文借鉴整体性治理和系统论的精髓，选取应急管理的视角来探讨组织的运作和管理。在实际研究进展中，笔者主要采取案例分析的研究方法，重点解读该类组织在其非常态管理下所遭遇的碎片化漏洞、碎片化形成的主要原因以及治理碎片化漏洞的应对策略，以此逐步来完成本次的研究任务。笔者选取铁路行业的应急管理作为研究话题，而在具体的案例分析上，则选取了改革前的铁道部和其所遭遇的交通事故过程中的应急管理与运作为例，即聚焦2011年浙江的“7·23”甬温动车事故为本次分析的突破口，来重点探讨作为政企不分的铁道部及其应急管理系统，在进行大部制改革之前其三个重要次系统即技术次系统、组织次系统、制度次系统相互间及各自内部的协作状况。在阐述铁路行业应急管理各次系统相互间及其内部管理与协作的碎片化事实基础上，进一步探讨造成碎片化管理背后的成因，并结合铁道部改革的时代背景和现实需求，针对中国铁路行业应急管理碎片化的现状，基于整体性治理和系统论的精神，初步提出了的统一信息平台、多元化的沟通协作机制和应急管理制度体系化的政策建议。最后，笔者尝试从铁道部改革现状与对策的相关探讨中，从技术监管、组织协作和制度规范三个方面总结出更为普遍性的规律，以此尝试为我国其它同类企业在走出改革的瓶颈以适应日益变化的市场需求过程中，提供一个可供借鉴的指导模型。