高速发展的国内工程总承包市场和进一步开放的国际工程总承包市场为我国建筑企业的发展提供了机遇的同时也提出了挑战。总承包企业通常凭借自身实力获得总承包权后，经业主同意后将部分工程分包给分包商完成。然而，目前的项目实践显示出建筑企业总承包项目失败的原因主要来自于建设项目供应链内部的分包商非合作行为。作为总承包商的建筑企业逐渐意识到在激烈的市场竞争中与分包商合作的重要性，在发展自身核心能力的同时整合供应链内各种分包商资源，以整合合作的方式面对竞争。　　本文立足于工程总承包管理实际，提出建设项目供应链合作关系的概念，并对此作深入研究，其目的就是通过分包商行为分析，建立一个科学的建设项目供应链合作关系决策模型，拟定合理的多准则协商程序，设计一套有效的合作关系激励机制，实现建设项目供应链分包商的资源整合，从而提升总承包商自身价值，推动建筑企业的可持续发展，为培养我国优秀的具有工程总承包能力的建筑企业提供理论依据。　　在对国内外现有文献进行梳理的基础上，紧扣建设项目供应链合作关系这一主题，从总承包商的视角展开研究，阐述了建设项目供应链合作关系的相关概念，同时对相关理论进行分析作为后续研究的理论源泉。分析了现有总承包项目中分包商采购管理存在的问题及其产生的原因。对总承包管理过程进行重新梳理，创建了建设项目供应链合作关系管理的研究体系，并选取其中的建设项目供应链合作关系形成阶段的研究作为本文后续研究的总体指导框架。　　以建设项目合作关系的形成阶段内容为基础，提出建设项目供应链合作关系建立的决策过程模型，根据分包商行为对建筑企业收益的影响，将其划分为合作行为和非合作行为，并运用效用理论建立了最优效用模型分析分包商行为选择的均衡条件，阐明管理分包商抛弃非合作行为而选择合作行为的措施。以主从递阶决策理论为基础，构建了以总承包商为上层决策者、分包商为下层决策者的主从博弈模型，阐明了总承包商与分包商之间的决策交互作用。从增值性和互适性两个维度提出了建设项目供应链合作关系分类判断方法，提出相应的差异化的合作战略，为总承包商在选择分包商建立建设项目供应链合作关系决策奠定基础。　　自动协商能够降低总承包商选择分包商建立合作关系的交易成本，是提高建设项目合作关系效率的一项重要手段。以一般协商协议为基础，比较合同网协议与讨价还价协议的优缺点，构造了建设项目供应链合作关系自动协商的并行协议，改进现有协商协议从而更适合建设项目供应链合作关系的协商环境。根据由项目实践提出的最优价值原则，建立了包含三个决策过程和自动协商支撑平台结构的基于并行协议的建设项目供应链合作关系的多准则协商模型。利用IDEF0模型梳理了从分包协商启动到分包商成功确定过程的流程，详细阐述了每个模型阶段的工作任务，给出了协商状态转换的通信协议，提出基于贝叶斯学习机制的改进让步策略，利用该让步策略提出协商反报价可以更快速的获得有利方案。　　在选择确定分包商后，为了防范分包商的非合作行为，需要设计合适的激励机制。在对现行建设项目合同类型和风险分担比较的基础上，定量分析了两种激励合同的利润分担情况，得出固定总价加激励合同作为建设项目供应链合作关系激励设计中的理性选择的结论，并提出多因素目标显性激励和考虑分包商能力的隐性相结合的激励目标。在此基础上，从长远角度出发，构建了考虑分包商能力的多阶段动态激励模型，分析了该隐性机制的有效均衡条件。同时，根据项目实践中的多因素均衡优化要求，建立了基于多因素控制的激励模型，以期使总承包商的建设项目供应链合作关系激励设计更加符合总承包项目管理的实际需求。