序列比对是生物信息学中最常见的问题之一,也是一种重要的生物信息处理技术。它通过对生物序列数据进相似性比较,来发现生物序列中的功能、结构和进化等信息,是基因识别、分子进化、生命起源等生物信息学研究的基础。免疫遗传算法是一种混合型改进遗传算法。它将遗传算法与免疫原理结合起来考虑,在传统遗传算法的框架之上,引入了免疫系统的诸多特性如免疫调节机制、多样性保持策略等,有效地防止了搜索过程中的未成熟收敛等问题,是一种更加有效的优化算法。本文在分析了国内外序列比对算法及序列比对的优化问题本质的基础上,设计了一种适用于双序列比对可行解的编码方案,提出了一种应用于双序列比对的新算法——基于免疫遗传算法的双序列比对方法(PSAIGA,Pair-wise Sequence Alignment based onImmune Genetic Algorithm)。并应用上述算法分别进行了DNA和蛋白质序列的比对,通过实验证明了其可行性和有效性。本文PSAIGA算法的实现采用的是C++语言。同时,对Needleman-Wunsch算法、基于遗传算法的双序列比对方法PSAGA也进行了实现。前者为评价PSAGA及PSAIGA算法结果的优劣提供了判定依据;而后者的比对实验结果说明了与其相比PSAIGA能够明显改善比对结果,提高比对效率。此外,还采用Windows API函数对进行序列比对的用户交互界面进行了实现。