1994年我国实行了分税制体制改革,国家对政府间财政关系重新进行了调整,在政府间支出责任分配维持原有格局的的情况下,中央政府重新集中大部分财政收入,中国政府间财政关系由分税制前的“收入分权,支出分权”模式转变成了“收入集权,支出分权”模式。虽然分税制改革有效的提高了财政收入“两个比重”,增强了中央政府的宏观调控能力,但是与此同时,社会经济中也开始出现很多负面问题,如地方政府乱收费现象趋于严重,农民税费负担不断加重;县乡财政困难问题涌现;地区差距和城乡差距持续扩大。认清1994年的我国分税制体制改革所产生的效应以及现存体制中存在的问题,既关系到上述负面问题的有效解决,也关系到我国政府间财政关系的进一步改革。基于此,本文对1994年以来的中国政府间财政关系及其所产生的不均衡效应进行系统分析。论文通过对中国多级政府间财政收支结构与发展趋势的比较分析发现,分税制改革中央政府集中了大部分原本属于基层政府的财政收入,并且省级财政也有收入集中趋势,中央和省级财政收入的集中趋势直接导致了地(市)和县乡财政的收入占有比例的下降。支出责任上维持原有格局,使得分税制改革后我国中央与地方政府出现纵向财政不平衡现象,本文在纵向财政不平衡的传统理论框架内对我国纵向财政不平衡进行了论证。基于纵向财政不平衡的传统定义和汉特(Hunter)提出的测量方法,本文构建了三个纵向财政不平衡系数,对1994-2003年我国中央与地方财政纵向不平衡度进行了测量,结果显示分税制后我国纵向财政不平衡度呈现扩大趋势。通过对各省纵向财政不平衡的测度发现现有的转移支付制度并没有缩小省级辖区之间的纵向财政不平衡度,反而加大了省际纵向财政不平衡度。通过对分税制以来我国三大地区(东、中、西部)、省际间、县级间横向财政平衡情况的实证分析发现,从人均财政收入角度看,我国转移支付制度在缩小地区间与省际间的财力差距具有明显作用,但是从人均财政支出角度看,转移支付效果不理想;从县级财政看,转移支付不仅没有起到缩小县级财政的作用,反而起到相反的作用。由此可知,分税制改革以来,不论从横向,还是纵向来看,我国政府间财政都处于一种不均衡状态,而现有的转移支付制度并不能有效矫正这种失衡状态,反而起到相反作用。通过对不均衡政府间财政的激励效应进行理论分析,我们发现现行政府间财政关系下的财政分权具有地区差别效应和城乡差别效应。财政分权对东部沿海等经济发达地区的激励作用大,对中西部等落后地区的作用要小,甚至有负面作用;除此以外,在目前的不合理的城乡财政关系下,城市对农村存在非常大的挤压效应,城市汲取了来源于农村的大量税收收入,但农村却没有获得相应的公共产品。通过对财政分权对基本公共产品的供给的关系的研究发现,财政分权下的地区竞争使地方政府公共支出结构出现了“偏差”,地方政府在公共支出上更倾向投资在与经济增长相关的基础设施领域里,从而挤压福利性基本公共支出资金,导致基本公共服务供给不足。分税制改革以来我国实行的“收入集权、支出分权”的这种不对称的政府间财政关系模式,其本身需要政府间转移支付来矫正,但由于现行转移支付制度的不合理,使得我国政府间财政呈现出一种失衡状态,为消除这种失衡状态,需要建立一种均衡的的政府间财政关系,但在目前我国政经约束体制下,只能是均衡的“收入集权、支出分权”模式。为此,一要对我国政府间财政收入做适当调整,构建一种多元多层的税收体系;二要将基本公共服务支出职责划分给中央政府承担,构建以基层财政为平台的支出体制;三要取消我国目前税收返还制度,清理整合现行的专项转移支付,建立起以公共服务均等化为目的的一般性转移支付制度。