2010年下半年，生物制药产业被国家列入重点发展和培育的七大新兴战略产业之一。生物制药类上市公司作为一个有生命的机体，盈利能力是其赖以生存的基础，它是生存力、发展力、创新力、应变力、凝聚力和承载力的综合表现，也是竞争力强弱的首要标志。生物制药类上市公司的盈利状况是投资人进行投资决策的最基本和重要的判断依据，同时也是债权人准确评价上市公司偿债能力、控制信贷风险的依据。所以无论是投资人、债权人，还是上市公司的经营管理人员，准确分析了解其盈利状况是必须的。本文就是鉴于以上的现实需求，从四个模块来着手进行上市公司盈利能力的分析，即生产经营盈利能力，资产盈利能力，所有者投资盈利能力和成本控制盈利能力。该文初选考虑的盈利能力指标共计29项，通过应用统计方法中的相关系数及方差分析法，根据相似替代和差异化原则进行指标筛选，最终选取13项指标，并分别归纳至上述四个模块中。在指标选取上，倚重的是统计方法和实际数据，而非根据财务理论进行人为主观的选取。在四个模块中的成本控制盈利能力，更是从开源节流的反方向角度，来评论分析盈利能力，做了一种尝试。本文从国泰安数据库所提供的近140家生物制药类上市公司的财务数据中，随机抽取了64家公司，得到了它们从2001～2010年在13项指标上的详细数据。分别从生产经营、资产、所有者投资、成本控制这四个方面，对生物制药类上市公司的盈利状况进行了描述。随后，选取同是国民经济支柱产业的房地产和汽车制造业，应用方差分析，对三个行业上市公司的盈利能力进行了比较分析。最后本文选用了结构方程模型，进行建模分析。借用结构方程模型的思想，用可度量的显变量——所选13项指标，反映出不可直接度量的隐变量——“综合盈利能力”，非常好的切合了本文所要研究的主题，并进行了实例应用验证，亦是完成了一种统计方法在财务应用上的较好尝试。