本研究针对本室前期筛选到的高效大豆和芸豆根瘤菌进行分子标记研究。 首先确定供试菌株的分类学地位。通过16SrDNA-RFLP、IGS-RFLP和16SrDNA全序列测定等方法最终将CCBAU01287归为中华根瘤菌属，其分类地位与费氏根瘤菌最近；将CCBAU65121归为根瘤菌属，其分类地位与菜豆根瘤菌最近。 采用三亲本杂交的方法，将绿色荧光蛋白基因(gfp)转入高效、抗逆、广适应性的快生大豆根瘤菌CCBAU01287和菜豆根瘤菌CCBAU65121中；将发光酶基因(luxAB)转入CCBAU01287中，获得分别含gfp和luxAB基因的转基因菌株CCBAU01287(G)、CCBAU65121(G)和CCBAU01287(L)。平板传代和共生检测表明：外源质粒在宿主菌中均能够自我复制，稳定遗传。通过对植株生物量的测定，经统计学分析表明绿色荧光蛋白基因(gfp)和发光酶基因(luxAB)标记的菌株CCBAU01287(G)和CCBAU01287(L)对大豆的生长及生物量的积累均与出发菌株的效果无显著差异。两个转基因菌株为今后CCBAU01287和CCBAU65121菌剂的推广提供了重要支持。 进一步研究证明，gfp标记菌CCBAU01287(G)可用于实时监测根瘤菌在大豆根部的早期定殖情况和测定根瘤菌在根表的定殖密度；luxAB标记菌CCBAU01287(L)可以用于检测根瘤菌在土壤回接实验中的占瘤率。 为保证高效菌株在生产应用中能够具有较高的稳定性，采用草炭拌种，同时以菌液作为对照，室温储藏，定期测定活菌数。经测定在11个月的时间里，除CCBAU65121的液体剂型外，其余菌剂的稳定性均较高，可以将它们推广应用。