近年来,环境司法专门化的不断发展促使环境资源案件在审判方面面临的挑战也越来越多,首当其冲的是环境资源案件的案由制度。在传统诉讼的案由分类体系中,环境资源案件几乎没有涉及,而环境司法专门化的发展首先需要解决的就是案由的分类问题,通过对案由制度和环境资源案件案由制度的介绍,结合我国以云南省和重庆市为代表的几个省市关于环境资源案件受案范围的相关规定的分析,得出我国环境资源案件案由制度实践中存在的诸多问题,如对环境资源案件案由范围的界定较为狭窄、新类型环境资源案件案由出现空白、环境资源案件案由呈现无序性等。对此,为保证我国环境司法专门化进程的顺利开展,我们应在准确区分生态法益不同于传统法益特殊性的基础上重新划定环境资源案件案由的分类标准,构建以环境污染防治案件案由、生态保护案件案由、自然资源开发利用案件案由、气候变化应对案件案由、生态环境损害赔偿诉讼案件案由和能源节约、开发利用与保护案件案由为代表的新的环境资源案件案由体系。