鳜类属鲈形目，为东亚特有类群。本论文主要通过PCR扩增测序法获得了鳜类鱼类的mtDNA(12S rDNA、16S rDNA、cytochromeb、D-loop)的基因序列，分析了鳜类的各种分子系统发育关系；利用AFLP分子标记技术研究了鳜(Siniperca chuatsi)不同江河流域、长江流域内不同水体间的遗传结构和遗传特征以及人工养殖群体的遗传多样性变化。 (1)为验证鳜类系统分类位置的各种假说，对部分鳜类鱼类线粒体16S rDNA基因片断进行了扩增和测序，利用其与鮨科以及鲈形目其它科鱼类的同源序列，初步构建了鳜类与部分低等鲈形目鱼类的分子系统关系。结果表明，鳜类为单系类群，但未与鮨科聚合成单系群体，与目前假设的鮨鲈科、狼鲈科、尖吻鲈群、花鲈等亲缘关系相对较远。由于鳜类为淡水特化类群，系统演化上较晚发生，因而，支持将其独立为一科——鳜科(Sinipercidae)。 (2)获得了鳜、大眼鳜、斑鳜、暗鳜、波纹鳜、长体鳜细胞色素b基因的全长序列，结合GenBank中3种少鳞鳜的序列，初步构建了东亚鳜类的系统发育关系。结果表明：鳜类为单系类群，可分为两支：鳜鱼群和少鳞鳜群。不支持长体鳜单独成属，而支持将长体鳜并入鳜属，并恢复为Siniperca roulei的观点。少鳞鳜群中，MP树表明中国少鳞鳜与朝鲜少鳞鳜为姐妹种，再与日本少鳞鳜构成姐妹群，这可能反映了地理隔离导致原始少鳞鳜逐渐演化形成新种。 (3)为进一步解决鳜属鱼类的系统学关系，利用mtDNA 12S rDNA、16S rDNA和细胞色素b基因序列的综合资料，构建了鳜属鱼类的系统发育关系。结果表明，长体鳜与鳜属聚为一个单系类群，建议将其归入鳜属。NJ树和MP树一致表明，鳜与大眼鳜为姐妹种，斑鳜与波纹鳜为姐妹种。系统发育还表明长体鳜最为原始，暗鳜较原始，鳜、大眼鳜、斑鳜、波纹鳜较为特化。这一重建的系统学关系与其形态、骨骼以及生态特征均表现有较高的一致性。 (4)获得了鳜、大眼鳜、斑鳜、暗鳜、波纹鳜、长体鳜、中国少鳞鳜线粒体DNA控制区基因的序列，并对其结构进行了分析。识别了控制区的终止结合序列区、中央保守序列区和保守序列区，找到了终止相关的序列ETAS和保守序列CSB-F、CSB-E、CSB-D以及CSB1、CSB2、CSB3。利用控制区序列构建的鳜类的系统发育树支持上述研究结果。 (5)选用10对AFLP引物对鳜5个地理群体(黑龙江、淮河、长江、钱塘江、闽江)100尾个体进行了遗传特征分析。共检测到条带219条，多态性条带46条，总多态性比例为21.0％，表明鳜具有较丰富的遗传多样性。黑龙江、淮河、长江、钱塘江、闽江群体内的遗传多态性为：2.7％，13.7％，7.8％，20.5％，11.9％。不同水系中发现了大量的种群特异性分子标记，群体间的遗传距离大于群体内的遗传距离。AMOVA分析表明，5群体间的总遗传分化指数F<,st>为0.4757，群体间遗传分化显著(0.01为0.5334，群体间遗传分化显著(0.01