2014年随着我国双创理论的提出,在全国掀起了前所未有的创新浪潮,大众创新、万众创业的口号在全民参与的热情中不断转化为实践,创新成果需要法律保护,创新人才更需要法律护航。在无形的巨大推力中,社会各界对我国知识产权制度提出了更高需求。为解决我国知识产权诉讼制度的不足、深入贯彻创新驱动发展战略,必须要高度重视知识产权诉讼制度的司法保障作用,为实现知识产权强国和世界科技强国提供强有力的司法保障。由于我国台湾与大陆本同根同源,又同系属于大陆法系,且台湾智慧财产权制度发展相对较早,其智慧财产诉讼制度经过了长期的实践探索,理论趋于成熟。台湾地区在智慧财产诉讼制度上也提出了一些较为先进的理论:“三审合一”、技术审查官、秘密保持令、法院裁判专利效力等制度以及远距视讯审理方式等。两岸地区可以在相互借鉴的基础上合理吸收,取其精华,去其糟粕。本文按照提出问题、分析问题、解决问题的逻辑展开。在纵观两岸知识产权诉讼制度差异的基础上,该论文选择了几个比较重要的方面对两岸的知识产权诉讼制度进行了比较,全文共七部分。导论简要总结了目前我国在知识产权方面取得的成绩与面临的不足,例如截至2017年底,我国设置了技术调查官制度、赋予394个人民法院审理知识产权一审案件审判权、在全国人民法院推行“三审合一”审理制度等。但知识产权诉讼仍存在诉讼效率低下、诉前禁令难以操作等问题。导论部分还介绍了台湾智慧财产权的发展历程,并简明的对比了台湾与大陆的几个特色的、重要的智慧财产权制度以及各自存在的问题。专门法院的成立是知识产权诉讼制度创新的基础,是研究其他创新理论的前提,所以论文第一章简要介绍了知识产权诉讼制度的发展过程与知识产权的自然属性以及世界各国建立专门法院的司法实践,并详细介绍了我国台湾智慧财产法院与大陆知识产权法院的成立背景与性质。第二章对两岸知识产权诉讼案件的审理模式进行了细致比较,详细的介绍了台湾开创性的“三审合一”审理模式以及基于目前普通法院、智慧财产法院并存模式下存在的管辖权争议问题,一审、二审同由智慧财产法院受理的尴尬,探讨了目前大陆地区知识产权法院“二审合一”审理模式与普通法院“三审合一”审理模式存在的矛盾。第三章对两岸知识产权诉讼的审理程序进行了探究,包括诉讼程序、审理不公开、秘密保持命令以及由专门法院判断专利效力制度。台湾地区通过立法赋予智慧财产法院裁判专利效力的权能,有效的解决了当事人恶意拖延诉讼的问题,笔者分析了大陆地区专利效力抗辩的发展历程,试探究在大陆地区赋予法院专利效力裁判权的可行性。第四章对两岸的技术调查官制度进行了比较,对其中比较突出的问题进行了详细的讨论,比如技术调查官的选任、启用程序、其出具的技术调查报告或意见书的法律效力以及技术调查官在实践操作中可能存在的越位问题,并试图发现解决这些问题的思路与具体方案。第五章对两岸的诉讼保全制度进行了比较分析,包括诉前禁令制度和证据保全制度两个方面,诉前禁令制度在我国的发展历史比较短,笔者分析了其在司法实践中存在的问题以及证据保全制度被当事人滥用的事实,试图找到解决方案。第六章针对上述分析比较的内容,总结反思并提出完善我国两岸知识产权诉讼制度的鄙见,希望对我国知识产权保护制度有所益处,为实现知识强国、创新大国添砖加瓦。最后一章为结语。