从全世界来看,政府补助都是一种非常普遍的现象。近年来,国内外学者针对政府补助的公平、效率和有效性问题进行大量研究,但到目前为止,政府补助对于全要素生产率提高的问题研究没有得到统一结论,同时,企业全要素生产率的提高不仅仅是政府补助,更重要的是企业内部治理机制,内部治理作为一种配置企业资源的制度安排和决策管理行为,并将对全要素生产率产生重要的影响。因此,本文将政府补助与公司治理相结合,运用沪深两市跨国公司在2007-2013年的微观经验证据,对政府补助、股权结构与企业全要素生产率的相关性进行实证分析。实证结果表明：(1)跨国公司政府补助与全要素生产率之间呈现非线性关系,说明在不同的政府补助强度下,两者之间具有不同的相关关系,当政府补助强度较低时,政府补助与全要素生产率呈负相关关系,当政府补助强度较高时,政府补助于全要素生产率呈正相关关系。(2)跨国公司股权集中度与全要素生产率之间具有显著的正相关关系,而且这种关系在不同类型实际控制人控制的上市公司中都存在,具体来说,在民营控制的上市跨国公司中,股权集中度对全要素生产率促进效用更高；跨国公司高管持股比例与全要素生产率具有显著的正相关关系,民营跨国公司高管持股对全要素生产率具有促进作用,在国有跨国公司中结果不显著；在固定效应回归和系统GMM回归中,跨国公司机构持股比例与企业全要素生产率显著正相关,民营跨国公司机构持股对全要素生产率水平的提高优于国有跨国公司。因此,政府应准确定位政府补助功能,优化政府补助形式,取消针对国有上市企业的各种隐形补贴,逐步降低政府补助强度,使企业处于公平市场经济环境中；同时,跨国公司应保持一定程度的股权集中度,推进国有企业混合所有制改革,引进民营资本,加大民营资本持股比例；鼓励企业针对高管人员进行适当的股权激励,降低企业管理者和经营者之间的利益冲突；推进机构投资者建设,放宽机构投资者持股比例。