人民调解协议是纠纷当事人之间对纠纷如何解决达成的合意，应主要依赖于当事人的自觉履行。但是，随着社会矛盾的变化，以及民事纠纷的多样化、复杂化，人民调解协议的自觉履行受到了较为明显的影响。针对这一状况，2011年1月起施行的《人民调解法》确立了对人民调解协议的司法确认机制，2011年3月，最高人民法院颁布并实施的《关于人民调解协议司法确认程序的若干规定》，对司法确认的程序做了初步规定。人民调解协议司法确认机制是诉讼与非诉讼纠纷解决机制相衔接的重要手段和内容，是民事纠纷解决机制的创新和发展，对于增强人民调解的纠纷解决功能和效率具有重要意义和作用。然而，其作为民事纠纷解决机制的一种创新，在理论上仍存在某些需要进一步研究的问题，在程序上也有待进一步的完善。如对司法确认的理论和现实依据有待深入认识，对人民调解协议的性质、司法确认的性质需要更为科学的界定，对《人民调解法》及最高人民法院有关司法确认的规定和司法解释有待具体的理论阐释，司法确认的程序需进一步细化等。本文通过分析认为，人民调解协议是当事人对争议事项如何解决的合意，调解的进程具有程序性，调解的依据具有法律性，调解的结果体现了当事人的自主意志。人民调解协议也不同于民事实体法上所指的当事人在正常的民事交往中所达成的民事合同，不应作为民事合同予以确认，而应当直接赋予其强制执行力。这是法院对人民调解协议能够直接予以司法确认的理论依据；民事纠纷解决压力的增大和社会公共选择则是司法确认机制产生的现实依据。由于司法确认的对象是当事人已经达成的调解协议，司法确认的目的是对人民调解协议的内容直接赋予其强制执行力，因而其既不同于诉讼程序，也不同于非讼程序，而应当属于非诉程序。人民调解协议的司法确认应遵循合理合法、自愿平等、意思自治和适度干预的原则。最高人民法院《关于人民调解协议司法确认程序的若干规定》规定了司法确认案件的管辖、司法确认申请的提出和受理、司法确认案件的审查和结果，以及司法确认的效力，为人民调解协议的司法确认提供了初步的规范，但仍存在诸如司法确认的范围模糊、保障作用和救济功能不足等缺陷。为此，从细化司法确认的受案范围、完善司法确认的结果形式与扩大司法确认结果的告知对象等方面完善司法确认的程序，从确立司法确认的责任追究机制与完善司法确认的救济机制两方面完善司法确认的配套机制。