随着我国高等教育事业的高速发展,高等院校的办学规模不断的扩大,对高校的教育、科研、社会服务等功能也提出了更高的要求。学科作为高等院校的重要组成部分和核心部分,学科的发展直接影响着高等院校的发展。我国在2015年颁布了《统筹推进世界一流大学和一流学科建设总体方案》,其中规定到2020年国内一些大学与学科都需要步入到国际一流行列,若干学科需要步入到国际一流学科前列;到2030年将会有更多的大学与学科步入到国际一流行列与前列;到本世纪中叶基本建成高等教育强国。但学科的发展同时遇到了不小的阻力,其中一部分就来自学科自身的一些因素,如管理效率低,考评方式落后,经费使用结构不合理等。开展针对学科建设的审计工作,能有效的、及时的发现问题所在,及时改进问题,为高校和学科的发展铺平道路。本文所提到的审计工作是默认审计对象经济活动相关资料的真实、正确、合规、合法的前提下,所进行的经济效益审计。但无论是经济效益审计中的绩效审计还是经营审计,都是以对审计对象进行绩效评价为基础的,通过对审计对象经济活动的经济性、效率性、效果性进行绩效评价,得出评价结论,提出审计意见和建议,促进审计对象提高资源利用效率,实现目标。本文主要对前人已有的研究成果给予整理,发现国内学者对绩效审计、经营审计或是绩效评价的研究已经相当的成熟,但从审计的视角下对高效学科建设绩效评价的研究还较少。因此参考了前人的有关高校绩效审计和学科建设绩效评价的理论探究,从审计的视角下对学科建设绩效评价的相关内容进行了初步的探索。并根据某一高校的某一学科的自身特点提出了对经济资源、人力资源、科研效果、教学效果的相关绩效评价指标,通过指标分析学科建设绩效的经济性、效率性和效果性,以绩效评价目标带绩效评价指标的方式达到对学科建设评价的目的。最后对学科建设绩效评价的发展提出自己的建议。