近几年,伴随着市场经济的变化和国家政策的不断调整,国防军工产业有了快速的发展。党的十八届四中全会进一步强调加快中国特色军民融合发展,不断推动经济建设和国防建设协调发展。在这样的时代背景下,军工企业的生产效率已成为重要的研究热点。根据内生增长理论,研发投入以及引起的技术创新活动是促进生产率提升和经济长期增长的重要因素之一,对军工企业的全要素生产率有重要的作用。本文以以往学者的相关文献研究为依据,首先对军工企业的研发投入、全要素生产率进行了变量的界定；其次利用上市军工企业的年报数据,通过DEA-Malmquist指数法测算了41家具有代表性的上市军工企业的全要素生产率；最后,通过回归分析,揭示研发投入对军工企业全要素生产率的影响机理。通过研究发现：①在2008-2014年观察期,军工行业的全要素生产率有所下降,其来源于技术效率的上升与技术进步降低共同影响的结果。而技术效率的提高是由于规模效率的提高及纯技术效率的提高共同作用引起的。②研发资本投入对全要素生产率、技术效率具有显著促进作用,与技术进步存在显著负向效应。③研发人力投入与全要素生产率、技术进步存在显著正向效应,与技术效率存在显著负向效应。④有技术背景的高管比例与全要素生产率、技术进步存在显著负向效应,与技术效率存在显著正向效应。⑤资本强度、企业规模对全要素生产率存在正向溢出效应。军工企业可以通过合理优化研发投入的结构、加快专业技术背景的高管团队建设等途径,实现研发资源的有效配置。