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为了提高育种效率,有目的的进行品种改良,探索种质遗传多样性,本试验选取25个烟草品种,采用形态学标记和SSR分子标记技术,对供试材料的遗传多样性进行分析,并探究二者的相关性,并得出以下结论：利用形态学标记方法对25份烟草材料的形态学欧式距离进行分析,其中23份供试烤烟间的欧氏距离为0.638-6.006,当欧氏距离取值为25时,可以明显的将他们区分成两大类,即Ⅰ1晒烟和Ⅰ2烤烟,当欧氏距离取值为20时,可将所有的烤烟系列(Ⅰ2)进一步分成两组(Ⅱ1、Ⅱ2)。第一组(Ⅱ1)包括：408,龙江935,82-3041,中烟90,龙江911,中烟98,吉烟10号,Val16, SpeightG-28,P3,中烟100,吉烟9号,云烟97,中烟15,Coker139和CV87,第二组包括其他的7份烤烟品种,总体来看,供试烤烟品种间的遗传距离狭窄,亲缘关系较近。本实验通过对92对分布于24个连锁群的SSR标记引物筛选出能稳定扩增并且多态性明显的10对引物。10对引物共扩增出48条谱带,多态性条带39条,扩增比例为81%。其中有9条是所有品种共有的条带,这在一定程度上揭示了各烟草种质间的同源性。利用SSR-PCR分子标记对25份烟草进行遗传距离分析,烤烟的遗传相似系数为平均值为0.907,介于0.579-0.997之间,说明烤烟品种间的遗传相似性高,亲缘关系较近,2份晒烟材料与23份烤烟材料的遗传距离相对较远,平均值为0.505。第一组(Ⅱ1)遗传相似系数介于0.954-0.997,包括12个品种,即RG17、 Speight G-80、大毛柳、Coker319、V2、龙江851、Val16、P3、中烟100、Speight G-28、CV87。第二组(Ⅱ2)遗传相似系数为0.993-0.748,组内包括其他11个烤烟品种。本文探究了SSR-PCR遗传距离与形态学欧氏距离相关程度,利用SPSS软件对SSR遗传距离与形态学欧氏距离进行了相关性分析,结果显示相关系数r=0.335,成显著正相关。此结果说明了两种标记结果的可靠性,也再次论证了供试品种亲缘关系近的事实。