随着我国社会主义市场经济体制的日臻完善，公共医疗卫生支出、政府职能转变等问题已成为众多经济学研究者研究的热点。公共财政体制已逐步取代了传统的生产建设型财政，财政支出的职能、管理水平等也相应改变。受经济发展因素、政府职能、财政体制等的制约，公共医疗卫生支出暴露出的种种问题，亟需财政支出管理工作的完善与改进。而在财政收入规模有限的情况下，政府如何为纳税人以最低的成本提供最优的医疗卫生产品和服务，公共医疗卫生支出能否体现经济性、效率性和效益性，这需要建立并完善公共医疗卫生支出的绩效评价制度。　　本文结合深圳市公共财政体制下医疗卫生支出的重要地位，概述公共医疗卫生支出的相关内容及对支出的绩效评价进行理论分析，通过分析国内各地的绩效评价工作进展及成效，作为深圳绩效评价工作的借鉴;结合深圳市防控甲流项目的案例，分析公共医疗卫生支出绩效评价工作的现状，指出目前存在的种种问题;最后，针对存在的问题，论述如何完善公共医疗卫生支出的绩效评价工作:通过加快财政信息化建设、全面推进预算绩效管理工作、完善绩效评价组织机构等完善绩效评价建设，加强财政支出绩效评价;加强公共医疗卫生支出管理，提高财政资金使用的效率及规范性、安全性，使有限的财政资源得到合理的配置，同时也有助于进一步规范和完善公共财政体系建设。公共医疗卫生支出绩效评价工作应作为一项长期性、持久性的工作来抓，且随着政府职能的转变随时作出调整并不断完善。支出效益最大化、支出结构相对优化、支出重点明确化都是今后仍将高度重视的。围绕完善公共财政体制机制和强化部门支出责任，遵循统筹规划、分级管理、因地制宜、重点突破的原则，逐步建立以绩效目标的实现为导向，以绩效评价为手段，以改进预算管理、优化资源配置、控制节约成本、提高公共产品质量和公共服务水平为目的，最终覆盖所有财政性资金，贯穿预算编制、执行、监督全过程的具有中国特色的绩效管理体系。