随着我国经济结构的转型,创新已成为我国从“中国制造”转为“中国创造”的必然选择,我国深入实施以科技创新引领全面创新是大势所趋。为了增强我国的经济实力,扶持中小创新型企业的发展,2009年10月23日正式成立创业板。创业板企业具有高成长性的特点,其R&D是创业板企业的长期战略和核心竞争力。如今,创业板的成立已有九年,创业板上市企业也从初创阶段进入了高速发展阶段。企业规模的扩大使创业板企业的两权分离程度不断增加,因此,.公司治理对创业板企业愈发重要。所有权结构作为公司治理的基础,它决定了企业的基本架构及发展模式,影响企业的相关重大战略决策。R&D作为创业板上市企业的核心竞争力也必然会受到一定的影响。由此可见,企业的所有权结构与R&D投入以及企业绩效存在着一定的关联关系。但从现有的研究来看,以往对于所有权结构、R&D投入与企业绩效关系的研究,往往是基于主板市场的两两关系研究,基于创业板的研究较少,将三者综合起来的研究更是甚微。因此,本文基于创业板上市企业2012-2016年度平衡面板数据,实证检验创业板上市企业所有权结构、R&D投入与企业绩效两两之间的关系,以及在创业板企业所有权结构与企业绩效关系中,R&D投入是否起到中介的作用。通过实证检验结果表明:(1)创业板上市企业的所有权集中度、高管持股、机构持股都与企业绩效呈显著正相关关系。当控股股东的持股比例越高时,更为注重对管理层行为的监管。高管持股的增加能够有效缓解代理问题。机构持股越多,则对企业发展的重视程度也越大。但是,研究结果显示股权制衡度与企业绩效并无显著相关关系。创业板企业具有高技术、高成长性的特点,其行业间的竞争也愈发激烈。而股权制衡可能会因利益的相互牵制降低企业的经营效率。因此,在当前阶段,股权制衡对企业绩效的作用并未能在创业板企业中有效体现;(2)创业板上市企业的所有权集中度、股权制衡度、高管持股与机构持股都显著正向促进企业R&D投入的提升,体现所有权结构能够影响企业R&D投入这一重大战略决策;(3)创业板上市企业的R&D投入与企业绩效显著正相关。企业通过R&D创新能够使企业产品具有不可模仿、不可替代的优势,或是生产效率的提升带来的成本降低,进而使企业绩效得以提升。并且,创业板企业的R&D投入对企业绩效的影响具有滞后效应,在滞后期内都显著正向影响企业R&D投入水平,体现出R&D作为企业的重大战略决策具有长远性的影响;(4)创业板上市企业的R&D投入对所有权集中度与企业绩效、高管持股与企业绩效、机构持股与企业绩效的关系中均产生部分中介作用。最后,通过实证分析的结果,并结合创业板存在的问题,提出相关建议。