【摘 要】
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目的:从公共数据库下载分析数据,运用生物信息学的方法,筛选与胰腺癌发生和预后相关的关键基因,初步探寻相关基因在胰腺癌中的作用机制;挑选预后相关的ITGB6基因,分析其与胰
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目的:从公共数据库下载分析数据,运用生物信息学的方法,筛选与胰腺癌发生和预后相关的关键基因,初步探寻相关基因在胰腺癌中的作用机制;挑选预后相关的ITGB6基因,分析其与胰腺癌临床病理特征的关系,研究ITGB6在胰腺癌中的作用机制,研究ITGB6下调表达对胰腺癌AsPC-1细胞增殖、凋亡和细胞周期的影响。方法:在GEO数据库中查找数据集,采用在线工具GEO2R分析得到差异基因;然后使用DAVID数据库进行GO富集分析差异基因的主要分子功能和生物学行为,运用KEGG信号途径富集分析差异基因作用的信号通路;运用String和Cytoscape构建PPI网络得到关键基因,在GEPIA数据库提取其中影响胰腺癌预后的基因,同时使用DGIdb探索药物基因相互作用,初步预测胰腺癌潜在的靶向治疗药物。结合Oncomine和GEPIA分析ITGB6基因在各种肿瘤中的表达情况;从TCGA下载胰腺癌临床信息的数据,研究ITGB6对胰腺癌临床病理特征的影响;再构建ITGB6相关基因的PPI网络,运用metascape分析ITGB6的分子机制;在TIMER数据库中探索ITGB6表达与免疫浸润细胞之间的相关性;最后,用RT-PCR法筛选ITGB6高表达的胰腺癌细胞系,用慢病毒感染并下调AsPC-1细胞系中ITGB6的表达,运用RT-PCR验证下调效率;MTT法分析下调ITGB6对AsPC-1细胞增殖的影响;Annexin V-APC单染法检测下调ITGB6对AsPC-1细胞凋亡的影响;PI-FACS细胞周期检测法检测下调ITGB6对AsPC-1细胞周期的影响。结果:在GSE15471,GSE28735,GSE16515共三个数据集中筛选出72个差异基因,包括52个上调基因和20个下调基因。富集分析发现差异基因主要作用于胚层细胞分化,细胞粘附,ECM-受体相互作用,PI3K-Akt信号通路等途径。确定了十个关键节点基因,FN1,EGF,ALB,COL1A1,ITGA2,KRT19,COL11A1,THBS2,ITGB6和MMP12。通过生存分析,发现了两个对胰腺癌预后有影响的基因,即ITGA2和ITGB6。还鉴定出8种治疗胰腺癌患者的潜在药物。在Oncomine和GEPIA中验证发现,ITGB6在胰腺癌中均为高表达,以ITGB6为核心的蛋白网络富集分析发现,ITGB6在整合素介导的细胞粘附、胶原结合、异型细胞间粘附、调节转化生长因子-β分泌等过程发挥作用。分析胰腺癌患者临床病理资料显示,ITGB6的高表达与胰腺癌患者的N分期、肿瘤G分级显著相关。免疫资源评估发现ITGB6表达与CD8﹢T细胞,中性粒细胞,树突状细胞有显著相关性。细胞功能学实验表明下调ITGB6基因可抑制胰腺癌AsPC-1细胞的增殖,使细胞周期阻滞在G2/M期。结论:通过生物信息方法共确定了十个关键基因,差异基因涉及的信号通路可以帮助我们加深对胰腺癌发病机制的了解。ITGA2和ITGB6与胰腺癌的预后密切相关,这为靶向治疗提供理论依据。ITGB6基因在胰腺癌中表达水平增高,可通过影响细胞周期促进胰腺癌的增殖侵袭,其是胰腺癌潜在的重要生物标志物。
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