RNA因其单链结构极不稳定,但越来越多的研究发现乳制品中存在有少量的RNA,这些RNA可以抵抗不良环境,较为稳定的存在。于是,本实验选取不同月份的牦牛乳样品作为实验材料,对牦牛乳进行不同的加工及处理,研究牦牛乳中RNA的稳定性及完整性,并且通过高通量测序技术,分析了泌乳初期(Fst_exs)和泌乳中期(Mid_exs)牦牛乳外泌体中的microRNAs。(1)对牦牛乳进行不同的处理,即40,50,60,70,80,90℃加热30 min和﹣20℃保存360,330,300,270,240,210 d,其总RNA和外泌体RNA的质量浓度和纯度较新鲜牛乳有显著差异(P<0.05)。对SCD1基因进行扩增,仅80,90℃加热30min条件下的牦牛乳总RNA未出现清晰整齐条带,其余条件处理下的牦牛乳总RNA及外泌体RNA均出现清晰条带,满足后续基因深入研究的需要。(2)对牦牛乳进行不同形式的加工,即牦牛乳冻干粉、牦牛乳酪,牦牛酸奶,牦牛乳粉,其总RNA和外泌体RNA的质量浓度和纯度较新鲜牛乳有显著差异(P<0.05)。对SCD1基因进行扩增,牦牛乳冻干粉总RNA和四种乳制品外泌体RNA均出现清晰整齐条带,满足后续基因深入研究的需要。(3)利用BO/YA-FW、BO/YA-RV和BO-FW引物对乳外泌体中ND1基因进行扩增,可检测出牦牛乳、巴氏杀菌牦牛乳、牦牛乳粉中的牛乳成分,检出限均为0.1%。牦牛乳经深加工后,由于外泌体的保护,其中的mRNA仍稳定存在,为牦牛乳的掺假检测提供新的思路。(4)对泌乳初期(Fst_exs)和泌乳中期(Mid_exs)牦牛乳外泌体样品进行高通量测序,分别得到12,202,741、11,214,499条clean reads,占其raw reads的比例分别为98.16%、99.07%。共预测到3个miRNAs成熟体,1个miRNA*链,3个pre-miRNAs。筛选出251个差异表达的miRNAs,Mid_exs样品比Fst_exs样品显著上调的miRNAs共78个,显著下调的miRNAs共89个,表达差异最显著的前20个mi RNAs均与脂肪细胞的分化及免疫调节过程有关。最后GO富集分析得出,差异表达的miRNAs的靶基因主要参与了细胞迁移(cell migration)和细胞迁移调节(regulation of cell migration)等多种生物学过程。KEGG富集分析得出,核糖体通路(Ribosome)为显著富集项,富集到94个候选靶基因。