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目的:探究FAP在肺腺癌和肺鳞癌中的表达情况、潜在功能及分子机制,探讨其和临床分期、免疫细胞浸润能力和PD-L1表达水平的相关性,从而为非小细胞癌（NSCLC）的临床免疫治疗及预后预测提供新依据。方法:从癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库获得FAP（Fibroblast Activation Protein）在肺腺癌和肺鳞癌中的 RNA-seq（RNA 测序）表达水平数据以及相关的临床信息,使用R包ggplot2将log2转化后的RNA-seq数据进行肿瘤组织和正常组织间的表达比较,利用DESeq2软件包筛选差异表达基因,将TCGA下载的临床样本根据中位数分为FAP高表达组与低表达组,并且鉴定出差异表达的基因。同时,将所得到的差异基因编排成基因列表,并输入GO（Gene Ontology,基因本体）和 KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组）数据库中进行富集分析,以此解释差异基因是否具有生物学意义。采用p＜0.05作为显著性指标,对不同表达的基因进行了分析,进一步通过R包clusterProfiler实现调控途径原有功能失调与表型相对应。调用R包“survival”和“survminer”分析差异基因与患者生存时间的相关性。采用CIBERSORT反卷积算法统计癌症组织中22种免疫细胞的占比,并分析了各种免疫细胞与FAP高表达的相关性,以及FAP高表达与PD-L1（programmed cell death-Ligand 1,基因CD274）的相关性。结果:1.通过ggplot2包对FAP表达量进行可视化,可见FAP在肺腺癌和肺鳞癌中表达显著上调（p＜0.001）。2.FAP在肺腺癌和肺鳞癌中存在差异表达基因。在肺腺癌中8个差异表达基因（SNORA1B、RN7SL398P、NTAN1P3、MIR670HG、LPP-AS1、LINC01561、AL390754.1、AC090023.2）高表达或低表达会影响患者生存时间（p＜0.05）。基因（LINC01561、AL390754.1、AC090023.2）高表达组相较于低表达组预后更差,而其余5个基因则正好相反,即高表达组的预后更好。肺鳞癌有5个免疫相关基因（RETN、HAS1、ACTA2（α-SMA）、PTGIS、F13A1）与肺鳞癌患者的预后密切相关（p＜0.05）。这5个基因的表达水平越高,肺鳞癌患者预后更差。3.在肺腺癌中,通过GO富集分析,发现差异基因主要富集在BP、CC,具体GO Term为“剪切体tri-snRNP复合体组装”、“多细胞生物生长调节”、“细胞对胰岛素刺激反应调节”、“H/ACARNP复合物”、“U5 snRNP”、“包含sno（s）RNA的核糖核蛋白复合物”、“U4/U6 x U5 tri-snRNP复合物”、“tri-snRNP剪切体复合物”、“snRNP剪切体复合物”和“角蛋白丝”等。而肺鳞癌的差异基因主要富集在BP、CC、MF,具体GO Term为“体液免疫反应的调节”、“补体激活,经典途径”、“免疫球蛋白复合物”、“含胶原蛋白的细胞外基质”、“质膜外侧”、“血液微粒”、“胶原三聚体”、“循环免疫球蛋白复合物”、“内质网内腔”、“纤维状胶原三聚体”、“带状胶原纤维”、“血小板α颗粒”、“免疫球蛋白受体结合”、“细胞外基质结构构成”、“抗原结合”等。此外,根据KEGG富集分析,在肺鳞癌中发现多种生物学通路受FAP差异基因的调控。具体通路为“神经活性配体和受体相互作用”、“细胞因子和细胞因子受体相互作用”、“ECM-受体相互作用”、“病毒蛋白与细胞因子和细胞因子受体相互作用”以及“PI3K-Akt信号通路”等。4.通过CIBERSORT分析在肺腺癌中发现中性粒细胞和活化的树突状细胞的浸润水平与肿瘤临床分期中差异存在统计学意义（p＜0.05）。肺鳞状细胞癌方面也发现两种免疫细胞(调节性T细胞,活化的N1（细胞）浸润水平与肿瘤临床分期中差异存在统计学意义（p＜0.05）,即在临床TNM分期Ⅰ～Ⅲ中,分期越高,免疫细胞浸润水平越高,而在临床分期Ⅳ中,免疫细胞浸润水平降低。此外,在肺腺癌发现幼稚B细胞（p=0.044）、活化的CD4记忆T细胞（p＜0.001）以及活化的NK细胞（p=0.006）这三种免疫细胞的浸润水平在FAP高低表达组间差异,有统计学意义（p＜0.05）。FAP表达水平越高,幼稚B细胞及活化的NK细胞浸润水平越低,而活化的CD4记忆T细胞则浸润水平升高。肺鳞状细胞癌方面发现八种免疫细胞的浸润水平在FAP高低表达组间差异,有统计学意义（p＜0.05）。FAP表达水平越高,静止CD4+记忆T细胞（p＜0.001）和中性粒细胞（p=0.018）浸润水平越高,而CD8+T细胞（p=0.004）、滤泡辅助T细胞（p＜0.001）、活化NK细胞（p＜0.001）、单核细胞（p＜0.001）、静止树突状细胞（p=0.034）和活化树突状细胞（p=0.006）浸润水平则降低。5.在肺腺癌中,三种免疫细胞的浸润水平与FAP高表达具有相关性,其中中性粒细胞、活化的CD4+记忆T细胞与FAP高表达呈正相关（r=0.16,p＜0.001）（r=0.27,p＜0.001）,滤泡辅助T细胞与FAP高表达呈负相关（r=-0.26,p＜0.001）。在肺鳞癌中,五种免疫细胞的浸润水平与FAP高表达具有相关性,与M0巨噬细胞、静止的CD4+记忆T细胞存在弱正相关（r=0.2,p＜0.001）（r=0.35,p＜0.001）,与单核细胞、CD8+T细胞、滤泡辅助T细胞存在弱的负相关（r=-0.23,p＜0.001）（r=-0.22,p＜0.001）（r=-0.46,p＜0.001）。6.在肺腺癌中,FAP高表达与CD274（PD-L1）的表达呈正相关关系,差异有统计学意义（r=0.4,p＜0.001）。但在肺鳞癌中,FAP高表达与CD274（PD-L1）的表达呈负相关,差异无统计学意义（r=-0.06,p=0.2）。结论:1.和正常肺组织相比,FAP在肺腺癌和肺鳞癌中存在异常高表达。2.FAP的差异基因在肺腺癌和肺鳞癌中可富集到多条机制通路,影响肺腺癌、肺鳞癌患者的预后。3.FAP基因表达可反映肺腺癌和肺鳞癌中免疫细胞浸润水平,并影响临床分期。4.肺腺癌中FAP与免疫检查点PD-L1表达正相关,可能是肺腺癌ICI（Immune checkpoint inhibitors）免疫治疗的潜在调控靶点。