研究系统生物学的传统网络模型,一般是以基因或蛋白质为网络节点元素,然后通过聚类、划分功能模块等方法研究及预测基因或者蛋白质的功能。而本文的研究着眼于更高一层次,以功能类作为网络节点,通过结合多种组学数据,构建人类疾病的功能类扰动网络模型,研究疾病的致病机理。文章首先介绍了疾病功能类扰动网络模型的构建思路与方法,包括组学数据的选择与处理、基因集与功能类富集分析、扰动功能类的选取和功能类扰动网络模型的建立。然后,为了研究疾病在表达谱水平上的功能类扰动情况,建立了基于表达谱数据四种主要疾病功能类扰动网络。通过功能类扰动网络模型,对癌症、神经性疾病、传染性疾病和代谢性疾病四种疾病,在表达谱水平上的功能类扰动情况及在功能类扰动网络上的关系做了分析与讨论。最后,建立了基于多种组学数据的癌症功能类扰动网络。为了建立可靠的癌症功能类扰动网络,在组学数据选取上,除了表达谱数据外,同时选取了体细胞基因突变、甲基化、SNP以及MicroRNA的组学数据。通过对癌症功能类扰动网络模型分析,我们发现了几个与癌症有密切联系但是前人研究较少的途径,包括补体与凝血级联途径、色氨酸代谢等。在该癌症扰动网络模型具体应用方面,我们对前列腺癌症癌变进程通过该模型进行了分析。