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片形吸虫病是由片形吸虫(肝片形吸虫、大片形吸虫)感染引起的危害十分严重的人畜共患寄生虫病,给畜牧业带来重大经济损失。肝片吸虫病主要发生在温带地区,而大片形吸虫病主要发生在热带和亚热带地区。据统计,全世界240多万人感染,一亿八千万人存在感染风险。在我国,有大量关于肝片吸虫感染的病例报道,但是关于牦牛肝片吸虫感染的信息非常有限。此外,大片形吸虫是片形吸虫病的重要病原之一,但对大片形吸虫转录组、基因组及小RNA组等数据比较缺乏,影响了对该病致病机制的深入研究。因此,有必要对我国牦牛肝片形吸虫的感染情况进行流行病学调查并对不同发育期大片形吸虫转录组和小RNA组进行系统的研究。本研究应用ELISA方法对我国甘肃省玛曲县、碌曲县和天祝县牦牛肝片形吸虫的感染情况进行了调查。通过RNA-Seq高通量测序和生物信息学分析等不同的研究手段,对不同发育期大片形吸虫转录组及小RNA组进行了系统研究,鉴定出大片形吸虫不同发育期的转录组和小RNA组特异表达和差异表达的基因,并预测了其功能。结果显示:(1)本研究中的牦牛肝片形吸虫血清学总阳性率为28.7%(454/1,584),其中白牦牛阳性率为29.2%(284/974),黑牦牛阳性率为27.9%(170/610)。牦牛的年龄及季节与片形吸虫感染相关,是重要的风险因素。(2)通过RNA-Seq高通量测序和生物信息学分析等不同手段,对不同发育期大片形吸虫转录组进行了系统的研究,鉴定出不同发育期大片形吸虫unigenes共319261个,平均长度1038个核苷酸,N50值为1552。总共153573个unigenes注释到Nr(122405,38.34%),Nt(35756,11.91%),KOG(48889,15.31%),KO(32384,10.14%),Swiss-Prot(66543,20.84%),GO(86793,27.18%)和Pfam(86211,27%)数据库。鉴定出若干大片形吸虫不同发育期差异表达基因,其中毛蚴vs虫卵组29183个,雷蚴vs毛蚴组27341个,尾蚴vs雷蚴组323075个,囊蚴vs尾蚴组16388个,42天童虫vs囊蚴组30601个,70天童虫vs42天童虫组42个,成虫vs70天童虫组3847个。通过GO和KEGG富集分析发现两条排卵相关的信号通路(cGMP-PKG信号通路and TGF-β信号通路)。(3)通过RNA-Seq高通量测序和生物信息学分析等不同手段,对不同发育期大片形吸虫小RNA组进行了系统的研究,鉴定出160个大片形吸虫不同发育期差异表达miRNAs,毛蚴vs虫卵组69个,雷蚴vs毛蚴组59个,尾蚴vs雷蚴组95个,囊蚴vs尾蚴组44个,42天童虫vs囊蚴组95个,70天童虫vs42天童虫组35个,成虫vs70天童虫组39个。其中,24个已知miRNAs和126个新miRNAs。通过GO和KEGG富集分析鉴别出两个(sja-miR-1和sja-miR-7-5p)在成虫性成熟过程中起到至关重要的miRNAs。(4)通过对转录组和miRNA组数据进行关联分析发现,差异表达miRNA靶向的差异表达基因总共有毛蚴vs虫卵组8868个,雷蚴vs毛蚴组7792个,尾蚴vs雷蚴组11646个,囊蚴vs尾蚴组3025个,42天童虫vs囊蚴组11760个,70天童虫vs42天童虫组14个,成虫vs70天童虫组1097个。本研究首次对我国甘肃地区牦牛肝片形吸虫感染情况进行了血清学调查。同时,应用RNA-Seq技术、生物信息学技术等首次研究了大片形吸虫不同发育期转录组和小RNA组的变化,同时对mRNA和miRNA组数据进行了关联分析。研究结果为深入了解我国牦牛片形吸虫感染情况、阐明大片形吸虫感染性变化的分子基础及致病机制提供了重要基础数据。