水母雪莲（Saussurea Medusa Maxim）是菊科(Asteraceae)凤毛菊属(Saussurea)多年生植物，具有抗炎镇痛、散寒除湿、活血通经、抗肿瘤和抗氧化等功能，为我国名贵珍稀中药材。由于水母雪莲自然生长缓慢，加之过度采挖，现有资源濒临枯竭，野生资源远远不能满足市场需求，细胞培养生物技术为植物有效成分的利用提供了新途径。本研究采用水母雪莲白色系、绿色系和红色系愈伤组织为材料，通过反相高效液相色谱(RPHPLC-DAD)和荧光实时定量方法，比较不同细胞系中活性成分、结构基因和转录因子表达的差异，综合分析类黄酮合成途径基因表达与代谢产物的关系，以期了解雪莲类黄酮次生代谢的分子机制，为调控其类黄酮次生代谢途径，得到生长旺盛且活性成分产量高的的雪莲细胞系提供理论依据。主要结果如下：1．红色系的类黄酮和花青素含量远高于其余两系。三种细胞系均含有儿茶素、绿原酸、芦丁、对香豆酸、二氢槲皮素和圣草酚等类黄酮化合物，总体上，红色系中各种类黄酮成分含量明显高于另两种细胞系，尤其是重要的药用成分芦丁，其含量达到0.25%，将近其余两者的3倍。另外，红色系中的儿茶素含量尤其突出，达到5.8976mg/g。2．水母雪莲中花青素主要有矢车菊素3-O-己糖苷、矢车菊素3-丙二酰己糖苷和矢车菊素3-O-琥珀酰己糖苷，白色系中无花青素，红色系中花青素含量极高，矢车菊素3-O-己糖苷和矢车菊素3-O-琥珀酰己糖苷均为绿色系中的19倍。3．黄酮类化合物早期合成阶段的代谢酶PAL、C4H和4CL在细胞系间差异不大，CHS、F3’H、FNS、FLS、ANS基因在红色系中表达水平高于另外两系，为该细胞系花色素含量高的原因，CHI、F3’5’H、DFR1基因则是在绿色系中表达量较高，FHT和DFR2基因在白色系中表达较高。4．MYB、bHLH、WD40转录因子在红色系中表达量极高，绿色系次之，白色系最低，红色系中MYB的表达为白色系和绿色系表达量的19.7和7.6倍，我们认为MYB与CHS、F3’H和ANS基因的高表达水平有关，bHLH和WD40的表达水平比例接近1：1，可能是形成了MBW（MYB-bHLH-WD40）复合体对类黄酮的生物合成进行调控。