原钙粘蛋白(Protocadherin,Pcdh)基因簇可以选择性表达50多种蛋白,原钙粘蛋白质群在神经元多样性和单细胞特异性以及神经突触信号转导中发挥重要作用,但是目前Pcdh基因簇表达调控机制尚未完全清楚。本文通过凝胶电泳迁移实验(Electrophoresis Mobility Shift Assay,EMSA)证实CTCF(CCCTC-binding factor)在Pcdh??的调控区域有很多CTCF结合位点(CTCF-binding site,CBS)。在全基因组范围内,运用计算生物学方法分析CTCF和增强子、启动子等调控元件的关系,发现CBS位点在调控元件附近有较多分布,推测CTCF通过介导增强子和启动子的特异性交互作用,在细胞核三维基因组内形成活性转录枢纽调控基因精准表达。此外,在Pcdh基因簇增强子区域有RNA转录,这些RNA是长链非编码RNA,被命名为增强子RNA(enhancer RNA,eRNA)。本文利用小鼠大脑皮层和小鼠神经母细胞瘤细胞系Neuro-2a的总RNA进行RT-PCR,对调控区域的DNaseI超敏位点(DNaseI Hypersensitive Site,HS)HS7、HS5-1、HS7L和HS5-1aL的eRNA性质进行分析。我们发现这四个HS超敏位点均能够双向转录RNA。HS7位点转录的RNA具有多聚腺苷酸尾巴(Polyadenylation tail),其余三个位点转录的RNA则没有多聚腺苷酸尾巴。在小鼠神经母细胞瘤Neuro-2a和人类子宫内膜瘤细胞HEC1-B中,通过shRNA干扰实验研究Pcdh基因簇调控区域HS5-1转录的RNA功能。结果显示HS5-1位点的eRNA下调后,Pcdh?基因表达下调,因此eRNA可能以某种方式辅助其靶基因的表达。综上所述,转录因子CTCF和增强子RNA在Pcdh基因簇的基因表达调控中都较为重要,这为进一步研究Pcdh基因簇的功能奠定了分子基础。