进入新世纪后，企业所处的环境变化，使社会经济生活发生了巨大的变革。每个企业都会受到这场变革的冲击与影响，面对这些内外部条件的变化，要使企业在市场竞争中立于不败之地，必须使其能够适应内外部条件的变化，保持企业的高效性和灵活性。因而，为了使企业能够在与同行的竞争对手中脱颖而出，对企业实施组织结构创新是必然的趋势。组织结构是一个企业生存和发展的根本条件和基础，企业战略目标的实现需要通过组织结构去完成，它的合理与否直接决定了企业的命运。企业的高层领导和管理人员应该意识到组织创新对一个企业发展的重要性，必须采取措施对组织实施创新以适应内外环境带来的变化。本文主要通过研究国内外组织结构创新理论，分析了组织结构创新的动力以及阻碍因素，设计适合企业的组织结构方案以及采取有效的措施以实现组织创新。然后，建立了综合评价指标体系，采用模糊综合评价方法对创新后的组织结构进行综合评价，以判断其合理性。本文的最后将理论与实际相结合，对R公司组织结构进行研究并分析其发展过程中存在的问题，设计出适合R公司发展的组织结构模式，并对创新后的组织结构的有效性进行了综合评价。通过对R公司的组织结构创新的研究，希望对公司的发展有所贡献。本设计研究可对同类型的企业组织结构创新提供有意义的借鉴和参考。