随着高校规模不断扩大，公立二级学院开始出现，在教育深化改革的今天，公立二级学院中管理所面临的问题也逐渐复杂，而学院的组织结构、治理模式等的作用在管理中的地位也越来越重要，越来越受重视。在新中国成立以来，高校治理模式不断发生变化，公立二级学院的治理模式和组织架构的摸索也没有停止过。近年来，公立二级学院中出现了一种叫理事会领导下的院长负责制的治理模式，这种来自西方国家高校的治理模式，让高校二级学院的治理呈现出了新的生机。　　 本文从组织结构理论、公司治理理论、决策理论、激励理论、行为科学理论及无边界组织理论出发，以高校治理模式和二级学院发展背景为实践基础分析，以新华都商学院为实际例子，对公立二级学院院长负责制的模式进行了分析。公立二级学院采用的理事会领导下的院长负责制是理事会决策，院长执行的一种治理模式，在组织结构中，理事会下设学术委员会、党政联席会、院长、高级行政机构及院务会等。本文主要从四个方面来阐述公立二级学院院长负责制模式：㈠公立二级学院理事会领导下的院长负责制的一般运行机制;㈡公立二级学院理事会领导下的院长负责制的治理模式;㈢公立二级学院理事会领导制组织结构概况;㈣以新华都商学院为例详细阐述。最后提出我国公立二级学院院长负责制的促进措施。我国公立二级学院实行的理事会领导下的院长负责制对学院的发展有着积极的作用，但是，依然有着法律条文规范不够，机制不健全的问题，另外，行政部门或上级高校对公立二级学院干预过多，理事会成员覆盖面不够，从理事会资金来源不够稳定等问题也是需要注意的。本文旨在分析理事会领导下的院长负责制的基础上，发现一些理事会领导下的院长负责制的不足，为我国公立二级学院的管理和发展提供自己的观点。