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玉米不仅是我国三大粮食作物之一,也是世界上产量最高的作物,对我国的国民经济以及人民生活有着举足轻重的作用。但是近年来玉米生产和玉米育种面临着推广品种单一化、育种材料遗传基础越来越狭窄、基因库日益贫乏的问题,选取玉米近缘属种大刍草和玉米进行远缘杂交,对玉米进行改良,扩大玉米的基因库和种质资源,可以使玉米获得许多优良性状的基因,是未来玉米育种的一个突破口。本实验中,我们将大刍草全基因组的重测序序列与玉米参考基因组B73的序列进行比对,掌握了大刍草中的SNP和InDel变异信息,并开发了能在常规实验室应用的InDel分子标记,为分子标记辅助育种奠定了基础；同时,我们还构建了一套玉米和大刍草之间的连锁图谱并进行QTL定位,为后期将大刍草中的优良基因导入玉米提供理论依据。主要实验结果如下：1.本实验对大刍草的重测序序列进行全基因组变异分析,在全基因组中检测到8,041,081个SNP变异和586,943个InDel变异。在基因组编码区内检测到1,092,216个SNP变异和141,237个InDel变异。对SNP具体变异类型进行统计,发现不管是在全基因组中,还是在编码区内,SNP变异中A-G、 C-T、G-A、T-C的变异数量是最多的,占全基因组中SNP变异的66.86%,占编码区内SNP变异的63.14%,而InDel变异中,插入和缺失的数量基本相同。对每条染色体上的SNP变异和InDel变异的分布频率以1 Mb/window为单位进行统计,得到全基因组中SNP变异的最大频率为9,445个/Mb,最小频率为481个/Mb; InDel变异的最大频率为607个/Mb,最小频率为32个/Mb。2.在586,943个InDel变异中,长度1-5bp的InDel变异为547,227个,占总数的93.23%；长度为1-10bp的InDel变异为573,505个,占总数的97.71%。本实验选取均匀分布于玉米10条染色体上的InDel变异设计出141对InDel引物,取3份玉米材料Mo17、1212、zheng58和3份大刍草材料M-1、M-4、M-6进行标记多态性验证,有122对InDel引物能扩增出产物,其中有106对InDel引物在玉米和大刍草之间存在差异,比例为86.89%。3.本实验以玉米自交系1212与大刍草M-1构建了148株F2群体,通过对148株F2群体的DNA进行SNP分析,得到了包含3,072个标记的SNP数据。经过层层筛选,选取了效果较好的419个SNP标记,用这419个SNP标记构建了一套遗传距离总长为1404.21cM,平均图距为3.35cM的遗传图谱。其中,1号染色体的连锁图谱距离最长,全长为220.03cM,平均图距为4.31cM;4号染色体的连锁图谱距离最短,全长为101.95cM,平均图距为2.76cM。4.本实验以玉米自交系1212与大刍草M-1构建的148株F2群体所衍生出的F2:3群体的性状数据,对株高进行QTL定位,检测到4个影响株高的QTL位点qPH-1-1, qPH-1-2, qPH-7, qPH-9,分别位于第1、7、9染色体上,其中qPH-1-1, qPH-1-2位于1染色体上,qPH-1-1位于标记PZE-101168807和标记PZE-101166671之间,贡献率为9.32%,qPH-1-2位于标记PZE-101043682和标记PZE-101041837之间,贡献率为7.58%,qPH-7位于标记SYN17951和标记PUT-163a-71300000-3068之间,贡献率为6.08%,qPH-9位于标记PZE-109047418和标记PZE-109038360之间,贡献率为12.77%。检测到2个与分蘖相关的QTL位点qPT-1,qPT-10,分别位于第1、10染色体上,qPT-1位于标记PZE-101041837和标记PZE-101035640之间,贡献率为8.81%,qPT-2位于标记PZE-110009618和标记SYN17100之间,贡献率为8.79%。