2014年是新版的《药品经营质量管理规范》(简称GSP, Good Supply Practice)的实施元年。在新的规范认证过程当中,一大批经营管理水平较低的医药企业纷纷倒闭,如在湖南省,有医药公司当中,源江大地医药有限公司、湖南三和医药有限公司以及湖南天鼎医药有限公司等纷纷宣布破产。所以2014年是新版GSP的认证首年,也是医药商业行业的洗牌年。正是行业风险的不断升级,加大了医药商业企业对抵抗外界风险的能力要求。而随着企业内部审计在我国的不断发展,内部审计在完善公司内控、有效抵抗经营风险以及优化公司治理结构的能力逐渐突显。本文正是在这样的背景下,研究医药商业企业内部审计质量评价体系的构建和实施。随后,笔者在委托代理理论的内部审计风险论、内部审计重点领域确立论的分析基础上,结合平衡记分卡理论以及绩效管理理论,作为本文的质量评价体系的构建的理论基础；内部审计质量的影响因素是建立质量评价体系的重要参考依据,所以笔者进一步分析了审计环境因素、程序因素、人员因素以及资源因素对内部审计质量的影响程度；同时,评价指标的建立需遵循一定的原则,如可操作性原则、重点性原则、动态性原则、系统性原则和一致性原则等。文章最后以湖南省某大型医药商业企业(即Y企业)为例,结合其审计部门的发展现状,全面构建了一套符合其企业特征的审计质量评价体系指标,并进一步阐明了指标赋值的方法和审计质量评价结果的运用。不过由于笔者对Y企业及其所处的行业的了解尚且有限,对质量评价体系构建的原理和方法掌握还不够,所以所建立的指标体系还有待进一步完善。