小鲵科是亚洲特有的陆生且最低等的两柄动物类群，为有尾目中种类较丰富的类群，总计10属59余种。中国小鲵Hynobius chinensis由Günther（1889）根据湖北宜昌的模式标本订立，目前中国小鲵广泛的分布于中国中东部。至今为止，还没有舟山岛的中国小鲵线粒体基因组的研究报道，而在小鲵科的系统发育研究中，也没有对舟山的中国小鲵进行采样分析。另外，舟山的中国小鲵是何时以及通过何种方式来到岛上也没有定论。同时由于小鲵科物种体型较小，形态上存在不同程度的变异，给传统的形态分类带来了难题，致使小鲵科的命名及分类系统较为混乱，同种异名现象时有发生。相比于核基因，线粒体基因由于特有的遗传及进化特点，广泛地应用于现代分子系统学研究。本研究拟采用PCR方法扩增得到舟山的中国小鲵线粒体基因组全序列，并且结合GenBank中已发表的小鲵科物种的基因组以及Cytb基因序列，分别采用ME，ML，MP，NJ以及贝叶斯方法构建系统发育树，探讨小鲵科的系统发育及演化关系，并结合化石记录进行贝叶斯松散分子钟的分歧时间估算，旨在为了解小鲵科的进化历程提供新的分子证据。本文主要研究结果如下：1.中国小鲵的线粒体基因组全长为16495bp，其基因紧密排列，基因排布顺序以及密码子使用策略与大多数脊椎动物相同；除分布在重链上的大多数基因，仅ND6和8个tRNA基因在轻链上进行转录；碱基含量分别为T，32.6%；C，20.3%；A，33.5%；G，13.7%，AT含量高于GC含量的特点与大多数脊椎动物类似。轻链起始复制区（OriL）位于tRNAAsn和tRNACys之间，可形成稳定的茎环结构；识别到控制区内的终止序列区（TAS）的核心序列。2.基于线粒体基因组的小鲵科系统发育关系表明，小鲵科为单系起源，爪鲵属位于系统发育树的基部，是该科中最原始的一个属。山溪鲵属，巴鲵属，拟小鲵属和原鲵属聚为一个大支；北鲵属和副趾鲵属在所有的重建方法中均被聚为一支；肥鲵属是除爪鲵属、副趾鲵属和北鲵属之外的其他属的姐妹群。舟山岛的中国小鲵和义乌小鲵聚为一支，亲缘关系最近。不同的系统树重建方法均产生稳健且基本一致的拓扑树形，认为其结果具有较高的可信度。3.基于Cytb基因的小鲵科系统发育关系显示爪鲵属位于系统发育树的基部，副趾鲵属和北鲵属聚为一支，再与肥鲵属聚为一大支；巴鲵属和山溪鲵属聚为一支，是最近的姐妹群；肥鲵属是巴鲵属和山溪鲵属的姐妹群；拟小鲵属单独形成一支。极北鲵属同小鲵属聚为一支；舟山岛的中国小鲵和义乌小鲵亲缘关系最近，而祁阳的中国小鲵和挂榜山小鲵共同聚为一支。分析表明基于Cytb构建的系统树在属这一阶元的亲缘关系的分析结果不是十分理想，Cytb基因更适合用于种间系统发生的讨论。4.基于线粒体基因组的13个蛋白质编码序列的分子钟估算结果表明，小鲵科物种的共同祖先出现在早白垩纪，属间的分化发生在晚白垩纪至第三纪。