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隐孢子虫(Cryptosoidium spp.)、蓝氏贾第鞭毛虫(Giardia duodenalis)和毕氏微孢子虫(Enterocytozoon bieneusi)是引起人类腹泻疾病的重要病原。在世界淡水资源紧缺的大背景下,污水处理厂出水在农业灌溉和娱乐用水中的再利用已是大势所趋。然而,中国污水处理厂排放标准中的微生物指标只有粪大肠菌群数一项,对其他病原微生物的含量不做要求,因此,存在着病原微生物通过污水厂出水的再利用进行传播的可能性。为了全面了解隐孢子虫、蓝氏贾第鞭毛虫和毕氏肠微孢子虫(以下简称“三虫”)在上海生活污水处理厂出水中的残留情况和感染公众的风险,本研究采集并分析上海的三家生活污水处理厂(WWTP 1, WWTP 2与WWTP 3)出水水样共计50份。样品中的三虫首先经过碳酸钙絮凝浓缩,接着用巢式PCR和免疫荧光镜检方法对样品中的隐孢子虫和贾第虫进行检测(隐孢子虫PCR扩增位点为small-subuit ribosomal RNA,贾第虫PCR扩增位点为triose phosphate isomerase, glutamate dehydrogenase和P-giardia),并进一步用单叠氮化碘(PMA)结合PCR技术来鉴别卵囊和孢囊的活性；采用巢式PCR对样品中的毕氏肠微孢子虫进行检测(扩增位点为internal transcribed spacer)。此外,我们还采用Colilert Quanti-Tray/2000(?)检测粪大肠菌群数的含量。隐孢子虫的镜检和PCR阳性率分别为62%和40%；贾第虫的镜检阳性率为96%,PCR阳性率在92-100%范围中。对毕氏肠微孢子虫的检验仅采用PCR方法,其阳性率为70%。在样品中共计发现了10个隐孢子虫虫种或基因型、2个贾第虫基因型和11个毕氏肠微孢子虫基因型,并且大多数检测到的虫种或基因型具有感染人类的能力。所有水样的浊度和pH值均稳定。在WWTP 1与WWTP 3采集的出水样品中,粪大肠菌群数不达标的百分率分别为93%和83%。统计学结果表明PMA处理后的样品与未处理样品的PCR检出阳性率无显著性差异。本研究未能在出水样品中找到三虫残留情况与污水排放标准中微生物指标粪大肠菌群数之间的相关性。研究结果表明上海的生活污水处理厂出水中普遍存在人类肠道感染病原微生物,且排放标准中的微生物指标粪大肠菌群数无法指示出水中三虫的含量。本研究为隐孢子虫病、贾第虫病和毕氏肠微孢子虫病介水传播提供了溯源的信息,并为相关部门完善生活污水处理厂排放标准提供了可靠的依据。