现代工程项目建设过程中管理混乱、质量低劣、风险损失严重等问题已成为危害项目利益相关者各方权益的重要问题。其根源在于工程项目组织设计与管理缺乏系统观点,未形成系统分析、系统管理的有效方法与途径,因此一旦发生危机,组织就会呈现出无序与混乱,使项目出现投资失误、增值无望等严重后果。论文选取工程项目组织内部与外部主要利益相关者情况下的工程项目组织系统,引入管理耗散结构系统思想研究项目组织创新。在运用组织创新理论、复杂适应系统理论、集成价值链管理等现代组织管理理论论证工程项目组织创新的要素、基本方法与途径基础上,建立工程项目组织管理熵流概念模型。同时阐明了工程项目系统中组织熵流的基本作用机理、作用过程。论文还从系统论角度分析影响工程项目组织管理混乱的因素、管理有序的因素,并设计一定的组织创新途径消减管理熵增过程,引入负熵流使组织从不稳定状态进入有序状态,提高组织自我更新、抗干扰、自学习的能力。其目的是建立复杂适应性工程项目耗散结构系统。可操作性方面,论文将工程项目组织设计过程定义为多维偏好分析的线性规划技术,建立工程项目组织耗散结构多目标规划模型,并利用理想点法探讨了工程项目组织设计方案的选择、优化。论文还针对对工程项目耗散结构系统有序与协同性及对工程项目组织创新的绩效改进具影响性的组织创新途径进行深入研究。主要内容包括:——工程项目组织治理与委托/代理链优化。分析工程项目组织不同的委托/代理结构对系统有序度的影响并提出项目组织中委托/代理链优化的基本原则、方法、路径;——建立全寿命期工程项目供应链组织协同决策机制。构建并探讨工程项目供应链组织全寿命周期协同决策支持体系与组织模式;——针对工程项目组织需要特殊的项目知识管理系统的内在要求,分析了工程项目全寿命期协同决策框架下的工程项目管理知识联盟的构建机制及相应知识管理方法与技术。最后,论文在总结现代工程项目组织绩效代表性评价方法基础上,探讨了基于工程项目利益相关者视角的组织绩效评价指标体系与方法。