农林复合生态系统是有生物系统、环境系统和人为调控系统所组成的网络结构。本文以生态学、数学的理论观点和系统分析的方法为指导,把系统作为一个整体,研究各个部分之间物流关系来提高生态系统的整体功效。在农、林、牧结合生态系统中,要求种植业和畜牧业都要达到高产稳产,这样就必须使生态系统内的能量流和物质流取得良性循环,并且要求物质流和能量流越多越快越好。农林牧的有机结合,使动物将人类不能直接利用的农副产品转化为各种畜产品,或者作为动力或生产肥料产生比较复杂的能量流和物质流,这是农业和林业所不能做到的。因此,农林牧三者在营养物质的转化关系中,不仅具有明显的相互依赖关系,而且还存在着相互限制关系；也就是说,在能量和物质的转化过程中,双方都要消耗相当一部分能量,同时也都促使对方的生产发展。因此,在农林牧结合生态系统中,畜牧业的能量和物质来自植物和土壤,而畜牧的能量和物质亦输入并补充土壤库进而进入植物库。三者相互循环、相互促进、密切联系,形成生态系统的良性循环。本文通过对参数的研究,建立起农林牧结合生态系统物流的线性微分方程组。模型以年为单位考虑系统长期的结构、功能等特点且不考虑时滞。由于林业生长周期长、时效缓慢,则单独建立林业系统树木的生长模型。根据实际数据选择参数,来讨论和测算该子系统与整个生态系统中各分室物流输入输出情况。利用关联稳定性理论对农林牧复合系统的方程模型进行分析,并对实际的生态系统的长期性质及变化趋势进行分析。同时讨论在生产中有实际意义的不同的生产结构以及在不同情况下的稳定点。利用环分析的方法判别农林牧结合生态系统的稳定性,说明此农林牧复合的系统具有结构稳定性,以及对类似结构的系统的分析具有指导作用。