1949年5月,中共军队进驻上海,宣告了上海的“解放”。紧接着,新政权便开始对原国民党统治下的企事业单位进行接管。由于人力、物力及财力的限制,新政权并没有像对待公立高校那样对私立高校实行全盘接收,而是允其继续维持私立性质。尽管如此,私立高校也避免不了被改造的命运,这一点与公立高校并无差异。1949-1952年这几年的高校改造是建国后至“文革”前中国十七年教育改造之重要一环,奠定了此后中国高等教育发展的基本方向,并呈现出这一阶段所具有的历史特点。就教学改革方面而言,主要表现为：第一,在新政权的强力干预下,以宣传新意识形态、改造学生思想为归旨的思想政治教育课程在各高校普遍开设,成为高校教学的主要任务,并逐步常规化；第二,伴随着新政治课的开设,高校人文社会学科开始逐步附和新意识形态或与政治靠拢；第三,自然学科在批判“纯技术”、“超政治”等思想外,在课程设置方面开始走上功利主义道路,实用与否成为其衡量的标准。在教学改革过程中,新政权、校方和师生之间也展开了博弈,各种矛盾交织其中。但总的趋势是,新政权越来越强势,校方和师生则越来越弱势。最终,前者选择在高校发动一场政治运动,后者则无条件投降。在这场政治运动中,私立高校被永久撤销,公立高校一统天下,形成了中国高等教育的基本格局。