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番茄病毒病是危害我国番茄产量与质量的主要原因,导致我国番茄病毒病的主要病毒为黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)和番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus, ToMV),二者可以单独侵染也可以复合侵染。番茄病毒病的发生与病毒种类、地域和季节具有相关性。夏秋两季为番茄病毒病的高发季节,本研究于沪杭地区不同地点采集具有差异性症状的田间番茄样品,检测侵染该地区番茄的病毒,并对主要毒源CMV作详细分类与研究。本文利用多重RT-PCR方法和DAS-ELISA检测侵染番茄的病毒,并对主要毒源CMV进行酶切图谱差异性分析,进而应用dsRNA-SPAT方法对几类典型CMV分离物克隆测序并进行序列分析。受病毒侵染的田间番茄主要症状分为四类:重花叶、线性叶、轻花叶和叶片卷曲。本文采集具有上述症状的番茄样品,应用DAS-ELISA方法检测CMV、ToMV、TMV、TAV、PVX、PVY、ToRSV和TSWV等。并且运用以植物18S rRNA为内参的多重RT-PCR方法,同时检测CMVⅠ、CMVⅡ及CMV携带的sat RNA,以及TMV和ToMV等病毒,实现了属间检测。结果表明侵染该地区田间番茄的主要毒源为CMV和ToMV,且存在复合侵染现象。CMV所占比例大于ToMV,CMV亚组Ⅰ占主要地位,同时检测到携带satRNA的CMV样品。通过与DAS-ELISA检测结果及灵敏性试验比较,说明多重RT-PCR为一种灵敏性高,准确度好的检测方法。将检测到CMV的番茄样品转接心叶烟与合作903番茄,培养于温室保存毒源。根据症状差异和多重RT-PCR检测结果,根据RNA3类别选取5个CMV亚组Ⅰ和1个CMV亚组Ⅱ样品进行基于RT-PCR的限制性酶切分析。该方法不仅可以鉴定CMV亚组I和亚组II株系之间的复合侵染,也可以对不同CMV株系的三条基因组RNA链进行快速分组鉴定,检测是否存在天然假重组现象。酶切结果显示:5个CMV亚组Ⅰ样品中,RNA1和RNA2均与CMV亚组Ⅰ标准株系酶切结果相同,sc3,sc7,xs15的RNA3与CMV亚组ⅠB、xs11的RNA3与CMV亚组ⅠA的酶切结果一致,但是sc20的RNA3片段酶切后没有变化,推测sc20的RNA3上限制性酶MspⅠ作用位点发生了变化;CMV亚组Ⅱ样品的3条基因组片段酶切结果均与CMV亚组Ⅱ标准株系一致。限制性酶切分析结果表明样品中没有假重组现象存在。用于限制性酶切分析的样品转接合作903番茄后提取dsRNA,通过单引物扩增法(SPAT)获得扩增片段,克隆测序获得样品RNA3的全长序列。同源性结果显示,样品xs11的RNA3与其他四个CMV亚组Ⅰ样品相比,与CMV亚组ⅠA具有较高的同源性,xs16的RNA3与CMV亚组Ⅱ同源性较高。进化树分析结果与同源性比对结果基本一致。序列分析及酶切位点比对结果显示,sc20 RNA3的CP基因在MspⅠ作用位点发生点突变,丧失了酶切位点,因此sc20的RNA3经MspⅠ作用后片段没有发生变化,与推测一致。综上所述,侵染沪杭地区田间番茄的主要毒源为CMV和ToMV,既有单独侵染,也有复合侵染;CMV所占比例较大,其中CMV亚组Ⅰ占明显优势,且主要为CMV亚组ⅠB,CMV亚组ⅠA比例较小;CMV亚组Ⅱ在我国的分布呈上升趋势;天然假重组体发生概率很小,本研究中没有检测到。