【摘 要】
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背景人肠道病毒71血清型（Enterovirus 71,EV71）感染所导致的手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）在亚太地区引起的疫情反复暴发,这已成为严重威胁婴幼儿健康的公共卫生问题。多种亚基因型的引入和重组病毒的出现在流行病学上具有重要意义。然而,在中国大陆所循环流行的EV71毒株的重组变异信息和系统发育进化研究有待完善。方法基于GeneBank数据库和
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背景人肠道病毒71血清型（Enterovirus 71,EV71）感染所导致的手足口病（Hand,foot and mouth disease,HFMD）在亚太地区引起的疫情反复暴发,这已成为严重威胁婴幼儿健康的公共卫生问题。多种亚基因型的引入和重组病毒的出现在流行病学上具有重要意义。然而,在中国大陆所循环流行的EV71毒株的重组变异信息和系统发育进化研究有待完善。方法基于GeneBank数据库和病毒病原数据库和分析资源ViPR上,获取了 2009年至2018年间来自于中国各个地区的196株EV71的全基因组序列。通过ClustalW进行序列比对,运用MEGA7.0构建系统发育树,运用RDP5对全基因组序列进行重组筛查,采用Simplot对重组序列进行进一步验证。结果 系统发育分析表明,除个别毒株（CQ2014-86/CQ/CHN/2014和EV71/Xiamen/2009（B5））外,中国大陆的EV71毒株几乎都属于C4a亚型。利用196株EV71分离株的完整基因组序列,在2009-2018年期间中国大陆自然循环的EV71分离株中发现了 3个血清型间重组株（VR1432、30-2/2015/BJ和guangdong-2009）和 5 个基因型间重组株（EV71/P1034/2013,VR1432,Henan-ZMD/CHN/2012,Hubei-WH/CHN/2012,and EV71/P868/2013/China）。这些重组毒株的断点位于 P1、P2和P3编码区内。值得注意的是,发现了 EV71亚基因型C4a和C4b毒株SHZH98与CA8毒株Donovan重组产生的“双重组”VR1432毒株。结论本研究首次报道了这些特殊的血清型间和基因型间重组事件,凸显了基因重组在新肠道病毒变异体出现中的重要性。关注两种病原毒重组共循环,有助于进一步了解EV71重组、变异的发生和分布,以及病毒流行趋势。寨卡病毒病是由寨卡病毒（ZIKV）所引起的一种急性、自限性传染病,ZIKV感染导致的小头畸形和格林-巴利综合征等其他神经系统疾病,已成为为国际重点关注的公共卫生事件,为了更深入的研究ZIKV与宿主间的相互作用机制,本研究从长链非编码RNA（long non-coding RNAs,lncRNA）的角度来预测病原对宿主的致病机制。基于公共数据库ZIKV全基因组测序数据,分析ZIKV感染A549细胞的lncRNA表达谱的差异,从而更系统地了解和预测宿主与ZIKV之间的相互作用的可能分子机制。通过转录组测序技术（RNA-Seq）,筛查了 ZIKV感染和未感染的A549细胞中的lncRNA差异表达谱,通过GO和KEGG对表达差异的lncRNA进行生物信息学分析。ZIKV感染的A549细胞与未感染的A549细胞相比,筛选到的差异lncRNA总共有268个,其中表达上调的有121个lncRNA,表达下调的有147个lncRNA;其中感染后被诱导表达的lncRNA一共有36条,被完全抑制表达的lncRNA一共有50条。差异表达lncRNA及其预测临近基因主要富集于免疫应答过程。ZIKV感染A549细胞后,lncRNA表达谱变化显著,为深入研究lncRNA如何参与ZIKV与宿主之间的相互作用奠定了理论基础,同时也为ZIKV感染宿主的分子机制提供新视角及思路。
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