伴随着我国经济高速发展的同时，环境污染现象也很突出。对污染的治理，在现行的体制和以区域为边界的管理方式，在治理跨区域湖泊、河流的污染问题时，往往捉襟见肘，存在许多困难。跨区域湖泊、河流的污染如果治理不好，不仅会引发公用地悲剧,还会成为区域经济社会发展的制约因素。因此,区域政府必须建立一套合作协调机制，有效治理跨区域湖泊、河流的污染。对跨区域湖泊、河流的治理，不仅要从工程技术层面上入手，还要从流域治理机制上下功夫。　　文章运过治理理论，采用个案研究方法,通过对湖北梁子湖水污染问题治理实践的研究,发现湖北省和区域政府在作为治理主体时都存在着内生性的不足：省政府及相关部门与区域四市政府协调沟通不通畅，四市政府之间缺乏协调与合作，政府部门内部的职能分割与不合作，再加上政府与企业的对立与和合谋，环保NGO与公众参与的被忽视，投资主体的单一等，最终使梁子湖水污染的治理陷入了困境。　　为有效治理梁子湖水污染问题，政府间的环境协作成为必然要求：在探索建立区域与流域管理相适应的新机制、完善相关法规制度的同时，要畅通省政府及相关部门与四市政府协调沟通机制，强化区域政府之间的协调与合作，加强部门之间的联系，健全环保NGO与公众参与的途径，加强政府与企业的合作，探索建立多元的投资主体成为治理梁子湖水污染的重要途径。