为改变农民看病难、看病贵的状况,保证农民享受到最基本的医疗卫生服务,政府于2003年创建了新型农村合作医疗制度。该制度首先在云南、浙江等四个省份进行试点后逐渐推向全国。与传统的合作医疗相比,新型农村合作医疗制度最明显的地方就是其运行的主要资金来源于政府财政支撑,政府第一次明确的承担了保障农民基本健康的责任。在公共财政的支持下,新农合历经12年的发展后,在一定时期范围了取得了很大的成就,同时也存在一些不可忽视的问题。本文以财政相关理论为基础,说明了农村医疗卫生服务市场中的产品属性,揭示了农村医疗卫生服务市场中存在的“道德风险”与“逆向选择”现象,提出建立公共财政支持新农合建设的必要性,并对财政支持新农合建设进行了路径分析；叙述我国合作医疗制度的演化历程,揭示我国农村合作医疗制度的运行与财政体制变革之间密不可分的关系；阐述当前新农合的发展情况及财政投入情况,并分析了财政支持新农合建设的主要困境；运用实证分析了昭阳区新农合的建设历程和当前财政对新农合的支出情况,从财政的角度剖析了昭阳区新农合运行所存在的问题；针对新农合中出现的问题,选择加大财政投入规模、优化财政投入结构及完善相关机制等路径来支持新农合的发展。