基于生物信息学分析与肝癌患者高肿瘤突变负荷水平及预后相关的突变基因

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目的:基于生物信息学分析,筛选出与肿瘤突变负荷密切相关且具有预后意义的突变基因,作为预测肝癌免疫治疗应答的标志物。方法:从TCGA及ICGC数据库分别下载肝癌患者突变基因数据集(TCGA、LICA-CN),取两组数据中突变频率最高的30名突变基因交集,得到交集基因。利用公式肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)=非同义突变数目/外显子芯片大小(约38Mb)计算患者TMB,并通过R Limma包对交集基因野生组和突变组患者的TMB进行差异分析,筛选出与TMB显著相关的基因作为候选基因。通过R Survival包对候选基因进行生存分析发现与预后最密切相关的目标基因,对目标基因进行单因素和多因素COX回归分析验证其独立预后能力,在前面两组肝癌数据集基础上再下载并纳入两组突变数据集(LICAFR、LINC-JP),通过Meta分析进一步得出目标基因与肝癌患者预后关系,最后采用GSEA_4.1.0对目标基因进行基因富集通路,运用CIBERSORT工具包对高低TMB组以及目标基因突变组、野生组进行免疫细胞浸润差异分析。结果:筛选出了13个与肝癌患者TMB显著相关的突变基因:TP53,TTN,MUC16,OBSCN,FLG,PCLO,LRP1B,HMCN1,ADGRV1,USH2A,XIRP2,CSMD3,RYR2,其中LRP1B与肝癌患者预后关系最密切(P=0.005),并具有独立预后意义,Meta分析提示该基因是肝癌患者不良预后的影响因子(HR=1.37,95%CI(0.89,2.12))。LRP1B突变型显著富集了糖基磷脂酰肌醇(GPI)锚定蛋白生物合成和DNA错配修复途径,LRP1B野生型富集了花生四烯酸代谢、补体和凝血级联途径和氮代谢。免疫细胞浸润分析提示高TMB患者的滤泡辅助性T细胞含量比低TMB患者更高,而LRP1B突变型患者的幼稚CD4+T细胞,中性粒细胞含量比LRP1B野生型患者更高(P<0.05)。结论:大部分拥有肝癌高频突变基因的患者都具有较高的TMB,其中基因LRP1B突变与肝癌患者高TMB和不良预后均密切相关,可以作为肝癌独立预后因子,该基因突变情况涉及了重要的DNA错配修复途径、花生四烯酸代谢、补体和凝血级联途径和氮代谢途径,同时对肝癌免疫浸润程度也有重要影响。
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