垂直管理部门与地方政府关系一直以来备受关注,其本质是中央地方关系。2009年,垂直管理部门已经占到行政权力部门的50%,党的十八届三中全会以来,中央在审计、环保等领域实行了垂直管理,目前已有29个中央部门、5个省级部门实行或探索实行垂直管理体制。设立垂直管理部门的出发点是在中央认为必要的领域内减少地方政府的干扰,巩固和加强中央权威,实践中,我们发现垂直管理部门与地方政府之间在互动中存在着“依赖”与“期待”的特定关系状态,地方政府认为设立大量垂直管理部门是中央对地方的“不信任”,垂直管理部门感觉与地方政府互动中经常需要“求人办事”,垂直管理需要强化。中央通过垂直管理加强对某些条条部门的控制未必能杜绝地方政府对这些部门的影响,地方政府与一些垂直管理部门之间“非正式运作”现象屡见不鲜,这又在削弱中央的控制。未来一段时间,中央通过垂直管理制约自利的地方政府是央地博弈的主流,有鉴于此,本文探讨垂直管理部门与地方政府关系的现状、问题及其改善对策具有很强的现实意义。本文在对当前我国政府垂直管理体制发展现状描述的基础上,以改革开放后最先实行垂直管理的海关部门为具体研究对象,通过实地调研得来的资料,以案例研究的方式,聚焦垂直管理的C海关与A省省级政府之间关系现状和存在的问题,并站在央地关系、条块关系的大视角下分析其中的原因,研究发现法治化程度不高是两者关系现状和问题的症结。垂直管理体制在国外也很常见,文中以日本和美国为例,试图发现他们在规范垂直管理部门与地方政府的关系有益经验,中央地方间成熟的法律分权和制度化的争议解决机制是两国的共同之处,最后在“全面依法治国”的背景下,以垂直管理部门与地方政府关系法治化为落脚点,从推进中央地方事权划分法律化、完善垂直管理部门与地方政府政府权责清单建设、规范垂直管理体制、探索垂直管理部门与地方政府争议解决机制等几个方面提出建议。