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氢键在核酸-核酸相互作用中起着重要的作用。快速准确计算核酸碱基复合物的氢键作用强度十分重要。本实验室提出了一种可快速准确计算蛋白质多肽间N-H…OC和C-H…O=C氢键强度和蛋白质-核酸碱基复合物结合能的氢键势能函数,计算结果与高水平从头算方法吻合很好。本文对此氢键势能函数进行发展,将其应用到核酸碱基氢键复合物中,计算体系的结合能。对由尿嘧啶和胸腺嘧啶形成的21个碱基二聚体,72个三聚体和3个四聚体的结合能进行计算,取得令人满意的结果。对于二聚体,有13个体系的结合能与MP2/6-311++G (3df,2p)(BSSE)方法得到的结果差值在0.5kcal/mol以内,有8个体系的结合能与MP2/6-311++G(3df,2p)(BSSE)方法得到的结果差值在0.5-0.76kcal/mol,但这8个体系结合能的相对偏差都小于4.7%,并且所有二聚体的标准偏差为0.46kcal/mol;在72个碱基三聚体中有59个体系与MP2/6-311++G (3df,2p)(BSSE)方法得到的结合能差值在0.5kcal/mol以内,有9个体系的结合能与MP2/6-31l++G(3df,2p)(BSSE)方法得到的结果差值在0.5-0.85kcal/mol,有4个体系的结合能与MP2/6-311++G(3df,2p)(BSSE)方法得到的结合能差值在1.0～2.15kcal/mol,而在这13个体系中结合能的相对偏差都不超过7%,并且所有三聚体的标准偏差为0.53kcal/mol;对于四聚体,三个体系的结合能与MP2/6-311++G (3df,2p)(BSSE)方法得到的结果差值都在0.5kcal/mol以内,并且所有四聚体的标准偏差为0.20.kcal/mol。以上结果说明本文方法可以很好的计算出核酸碱基复合物的结合能。本文还对尿嘧啶和胸腺嘧啶的三个氢键位点(site1、site2、site3)的强度进行了比较,结果发现,sitel位形成氢键强度最强,其次是site3位,site2位形成的氢键强度最弱。