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东江是珠江流域的第3大水系,是香港、广州、深圳、东莞等城市重要的饮用水源。流溪河是珠江第二水系北江支流,全流域都分布在广州,是广州的母亲河。近年来,随着社会经济的快速发展,受人为因素影响,东江和流溪河鱼类资源衰退,河流生态系统受损。本研究对东江干流和流溪河流域鱼类生物多样性进行了较为详细的调查,并进行河流健康评估研究,旨在为鱼类资源养护和河流生态修复决策的制订提供科学依据,研究结果如下:1)东江干流在2015年11月至2016年10月对东江干流17个江段进行了8次调查,采集到12目26科80属117种鱼类,包括已报道的2009-2011年东江干流6个江段的85种鱼类中的82种,新增外来物种锦鲤(Cyprinus haematopterus)、奥里亚罗非鱼(Tilapip aureus)、短盖巨脂鲤(Piaractus brachypomus)等3种。与上世纪80年代7个江段的95种鱼类相比,有26种鱼类未被采集到(其中6种为河海洄游性和咸淡水鱼类),新增21个记录种;外来物种则增加9种;物种相似性系数仅有0.50。G-F指数分析表明鱼类物种多样性在降低。古竹镇河段α多样性最高(C=0.97,H=3.83,E=0.90,R=10.49),而石龙镇河段最低(C=0.83,H=2.15,E=0.76,R=3.38)。β多样性分析结果表明,不同河段鱼类群落组成差异明显,枫树坝河段与四都镇河段群落差异最大(β_C=21.0,β_L=70.0%,I=0.18,BC=0.89)。根据鱼类生物多样性调查结果及其对受干扰程度的相关性分析,构建适合于东江干流的9指标IBI评价体系,对东江河流健康状况评价结果为:枫树坝、老隆镇、佗城镇、义合镇、古竹镇、汝湖镇河段一般,东水镇、四都镇、蓝口镇、源城区、下角村、博罗县、潼湖镇、桥头镇、企石镇河段差,临江镇、石龙镇河段极差。东江干流IBI具有明显的空间异质性,可能与东江干流众多的梯级水电站建设和环境污染有较大关系。2)流溪河在2016年1月至2017年12月对流溪河9个河段3次调查,共采集到7目17科63属79种鱼类。与赵俊等研究结果相比,15种历史记录鱼类未被采集到,新增20个新纪录种,种类相似性为0.62,采集到7种外来物种,占总种类数的8.9%。G-F指数分析表明流溪河鱼类物种多样性在降低。就α多样性而言,流溪河上游河段物种多样性低于流溪河中、下游河段。β多样性分析结果表明,流溪河鱼类群落具有纵向分布特点,各河段之间鱼类群落差异较大,尤以上游三桠塘河段与下游蚌湖大桥河段差异最显著(β_C=18.0,β_L=100.0%,I=0,BC=1.0),鱼类群落组成不存在相似性。根据流溪河鱼类群落纵向分布和鱼类群落结构差异大的特点,分别构建适合于流溪河上游河段4个指标IBI评价体系、流溪河中、下游河段7个指标IBI评价体系。IBI评价结果显示:新联村、吕田镇、良口镇河段IBI等级为好;北溪村、三桠塘、从化街口河段IBI等级为一般;碧水湾、太平镇、蚌湖大桥河段IBI等级为差,表明自上游至下游,随着人为干扰活动频率增加,健康状况逐渐恶化。鱼类IBI调查结果表明,东江干流和流溪河河流健康都受到不同程度的破坏,渔业资源衰退,梯级电站建设、环境污染、过度捕捞、外来物种入侵是导致东江干流和流溪河水生态系统遭受破坏的重要因素。