白蜡(Fraxinus L.)SNP标记遗传连锁图谱构建及耐盐QTL定位

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土壤盐渍化已成为全球性面临的重大挑战,我国盐碱地面积约占国土面积的十分之一,土壤盐渍化问题十分严重。土壤盐渍化导致其上的植物生长发育不良,造成区域生态系统脆弱,对当地经济的可持续发展造成了严重影响。选择抗盐树种、培育抗盐良种是开发利用盐渍化土壤的有效途径,对于合理利用国土空间具有重要意义。白蜡属(Fraxinus L.)树种具有耐盐碱、适应性强、生长快等特点,是盐碱地营林和城市绿化的生态先锋树种。本论文研发了白蜡抗盐特性的快速鉴定方法,测定了杂交群体及其亲本的抗盐特性;对供试白蜡杂交群体及亲本进行了全基因组重测序,筛选SNP位点,构建白蜡SNP标记遗传连锁图谱,确定与白蜡抗盐性状相关的QTL位点,筛选与白蜡抗盐性状相关的SNP标记,为白蜡分子辅助选择育种奠定了基础。论文的主要成果如下:1、建立了白蜡抗盐特性快速鉴定方法。首先通过种子繁殖获得‘鲁蜡6号’半同胞家系实生苗,选择植株高度相同,生长状态相近的植株进行盐胁迫处理。设定0、150、300、450 mmol/L NaCl溶液4个处理浓度。对盐处理后白蜡表型进行分析并得到与表型相对应的盐害指数,并模拟计算半致死浓度。对各浓度处理组的叶片进行生理指标测定,计算得到叶片相对电导率、MDA含量、SOD活性、POD活性等生理指标和离体叶片的Fv/Fm值。通过半致死浓度与生理指标结合分析,确定300 mmol/L NaCl溶液为快速鉴定白蜡耐盐性盐浓度。将300 mmol/L NaCl溶液处理组的表型数据与生理数据结合进行相关性分析,认为离体叶片的Fv/Fm值可以作为快速鉴定白蜡抗盐能力的方法。因此将测定300 mmol/L NaCl溶液下离体叶片的Fv/Fm值作为快速鉴定白蜡耐盐性的方法。2、Fv/Fm值法检测了作图杂交群体及亲本抗盐性状。随机选择F1群体的38个白蜡扦插苗单株,使用300 mmol/L NaCl溶液处理21 d,观察其表型,获得盐害指数,并把盐害指数和离体叶片的Fv/Fm值相关联,得到两者高拟合度的回归方程y=-3.8417x~2+1.7644x+0.604。将其余F1群体单株的离体叶片的Fv/Fm值带入回归方程,并得到对应盐害指数,确定白蜡F1群体各单株的耐盐能力。F1群体中有22个单株被划分为敏盐单株,101个单株被划分为抗盐单株。3、构建了白蜡SNP标记遗传连锁图谱。对‘鲁蜡3号’、‘鲁蜡5号’和‘鲁蜡3号’ב鲁蜡5号’F1杂种后代群体的123个单株进行重测序,共得到1154.6GB的raw Reads,1104.6 GB的clean Reads,测序准确性为95.67%,Q20≥98.26%,Q30≥94.18%,平均GC含量为35.92%,平均测序深度为13.58 X。对测序数据进行分析和基因分型,构建1张包含11个LGs、45443个高质量SNP位点的白蜡遗传连锁图谱,该图谱总长度为1566.597 cM,平均每个标记的密度为0.034 cM。4、确定了白蜡抗盐性状相关的QTL位点。通过高密度遗传图谱与F1群体表型数据相结合,对白蜡耐盐性状进行QTL定位。得到一个QTL区间,位于第4条连锁群的62.085-115.29 cM,最大LOD值为3.4,表型贡献率为10.273%。在区间内得到60个LOD值高于2.5的SNP位点。在区间内筛选到51个候选基因,其中40个基因功能被成功注释。进一步分析候选基因,发现其中2个基因与NPF家族有关,一个基因与PP2C家族有关。这三个基因可能是白蜡耐盐的候选基因。因此该区间的SNP位点可能与白蜡耐盐相关。5、开发了白蜡抗盐性状相关的SNP标记。随机选择16个QTL区间的LOD值高于2.5的SNP位点和25份白蜡材料作为进行群体SNP验证,结果表明96.25%的PCR扩增结果SNP位点与二代测序SNP位点的基因型一致,证明基因组重测序鉴定的SNP结果具有较高的可信度。从F1群体中随机选择了15个耐盐单株和15个敏盐单株组成混池,对上述SNP位点与白蜡耐盐性状进行卡方检验,得到8个SNP位点与白蜡耐盐性状显著相关(p<0.05),确定该区间的SNP位点与白蜡耐盐相关。结合SNP位点的基因频率、基因型频率和表型等数据,筛选出3个鉴定白蜡耐盐性状的SNP位点。结合表型验证3个SNP位点鉴定白蜡耐盐表型准确率,3个SNP位点联合使用时鉴定白蜡耐盐表型正确率为90%。
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