国家体制改革后,监察机关依法对涉嫌职务犯罪案件开展调查活动,由于监察案件中监察证据收集所依据的《中华人民共和国监察法》与后期审查所依据的《刑事诉讼法》及相关司法解释存在差异,且调查人员适用监察程序调查取证经验不足,调查阶段辩护制度规定不完善等原因。导致监察案件瑕疵证据适用存在立法不明确,法法衔接不畅,适用的具体操作方式、程序不明晰,监检法机关对待监察瑕疵证据补救转化主动性不足、审查标准不一等问题。故应从遏制刑讯、强化职权及尽早排除的原则出发,对上述问题进行厘清和解决。通过类比一般刑事案件瑕疵证据适用制度及监察案件非法证据强制性排除规则,探究监察程序与刑事诉讼程序的联系与区别。明确消弭证据瑕疵的立法目的、回归诉讼职能本质、协调瑕疵证据立法模式、统一证据资格标准,完善中国特色的监察案件证据规则制度体系,设立监察机关内部监督机构、完善提前介入制度,进而优化我国监察机关调查权的配置。适用阶段,构建确立明确的监察案件瑕疵证据适用原则,严格规范启动主体、转化方式,转化程序,限制法官自由裁量权以及转化不能的制裁体系等手段,完善采信过程中的人权保障制度、提倡调查人员出庭制度。这对规范监察机关办案减少瑕疵证据滋生率、统一瑕疵证据适用规则,确保监察案件的审查审判公正有效具有重要作用。