绩效评价对于任何一个单位都是有着非常重要的指导意义,因为一项政策的好坏只有通过执行结果才能说明问题,尤其对于科研单位或者研究型的大学来说,任何一种评价模式都会使很多人的命运发生改变,一种好的评价模式能够使科研人员具有很高的积极性去工作,科研人员也会愿意把更多的精力投入到工作中,结果也必然是良性循环,所以必须高度重视科研单位的评价模式。基于此想法本文对中科院遗传发育所的科研投入产出做了评价。主要工作如下:首先,本文详细梳理了国内外的绩效评价模式,研究了绩效评价的理论基础、绩效评价的目的及科研绩效指标的设计原则。其次,本文以中科院自主创新为主题,总结了中科院研究所的科研自主创新绩效评价指标体系,进一步分析了目前中科院研究所应用的创新绩效评价模式及创新绩效评价方法。然后,本文对中科院遗传发育所自主创新成果进行了纵向和横向对比。纵向分析了中科院遗传发育所14年来的创新成效,利用DEA模型进行有效性分析;与沈阳生态所横向分析了自己的优点和不足。最后,本文在横向对比和纵向分析的基础上,对中科院遗传发育所未来的发展提出了合理化建议,进而对中科院深化改革提出了建议。