本研究的主要目的是克隆芽孢杆菌胞外高丰度蛋白的表达元件，为今后构建表达载体奠定基础。所用芽胞杆菌分离自治理无锡太湖蓝藻污染的菌剂中，经过形态染色及16SrRNA鉴定为芽孢杆菌。由于Biolog鉴定没有给出明确结果，尚不能确定其种属，因此命名为Bacillus sp.JK1。同时对本实验室分离自家兔粪便的两株菌进行了菌种鉴定，结果均为巨大芽孢杆菌，分别命名为：Bacillus megaterium RF3和Bacillus megaterium RF5，这两株菌可作为表达宿主。 通过SDS-PAGE电泳对Bacillus sp.JK1的胞外蛋白进行分离，选取分子量略小于14.4KDa(P1)及大约为18KDa(P2)的两个产量较大的蛋白转至PVDF膜上进行N端测序。结果P1没有测出其N端测序。P2的N端序列为：A S V E D F S N Y E。在NCBI中比对没有发现符合条件的胞外蛋白。 分别设计向上游及向下游的RSD-PCR简并引物克隆P2的N端上下游基因序列。共克隆到8条较特异的序列：U1、U2、U3、U4、U5、U6、U7和D1，但均不是目的片段。氨基酸序列比对后发现，U1、U2、U4中没有发现可能的蛋白序列。U3为生物素合成系统中的蛋白，U5为有机物质激活酶NrdG和Queuosine生物合成蛋白QueF，U6和U7都为樟脑抗性蛋白CrcB，且两者有97.93％的相似性。D1与Escherichia coli CFT073的胞外蛋白OsmY相似性达100％。该OsmY基因全长685bp，蛋白分子量约为23KDa，含有信号肽。在信号肽区，序列“SNYE”与蛋白测序结果中的部分序列相同。