花椒(Zanthoxylum bungeanam Maxim.)属芸香科,花椒属,原产于我国。是一种干、枝、叶、实具浓郁辛香的落叶灌木或小乔木,具有很高的经济价值。本研究收集了包括陕西、河北、山东、甘肃地区在内的21份花椒种质资源,采用形态学水平标记和RAPD分子水平标记相结合,运用方差分析、聚类分析、主成分分析多种分析方法对21份花椒种质的鉴定与分类进行了研究。主要研究结果如下：1.果实表型的形态学研究。通过对21份花椒果实形态学学水平的调查测定,结果显示：花椒果实表型指标变异较为丰富,样本间各性状变异较大,平均变异系数为21.06%,其中变异系数最大的为38.96%(果柄长),最小的为10.28%(横果径)。各性状样本间均达到显著程度(p<0.05),说明种质资源间很大的差异。果实各表型性状均存在一定相关性,其中纵果径与果形指数、果柄长、百粒重均具有显著相关性,横果径与百粒重也具有显著相关性。因此在进行果实品质的研究和制定果实分类等级时可以综合参考相关性指标。2.形态学水平研究。通过对花椒一年生苗Q聚类,研究结果发现21份花椒种质并未表现出一定的地域性差异,即来源于同一地区的花椒种质未表现出较近的亲缘关系。花椒种质材料的遗传背景并不一定与该区域其他资源有相关性。通过对一年生花椒苗R型聚类分析,表明花椒苗期23个性状存在一定相关性。通过主成分分析表明在苗期花椒种质进行分类主要参考叶片形态特征的差异进行分类,对本研究发现对一年生苗表型性状主成分分析结果与形态聚类分析结果之间虽然存在差异,但结果较接近。3.RAPD分子标记研究。对影响RAPD反应各因素进行了优化,建立了适合花椒RAPD反应的最适反应体系；从300条随机引物中筛选出30个有稳定的扩增产物,30条引物共扩增出257条带谱,其中多态性条带186条,占总条带数的72.37%,这种多态性不仅表现在不同种质资源之间,而且也表现在种质资源内个体之间。在聚类分析中当遗传距离取0.5297-0.5763时,21份花椒种质资源可分为3组；当遗传距离取0.4963-0.5037时,21份花椒种质资源可分为7组。RAPD研究也发现：花椒种质材料的遗传背景并不一定与该区域其他资源有相关性。4.综合两种标记系统的分析结果可知,21份花椒种质间存丰富的多样性。并且形态学性状聚类与RAPD聚类不太一致。