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本研究采用微卫星DNA遗传标记技术，对天府肉羊三个不同群体——SAU-B、SAU-R和SAU-W，以及成都麻羊、波尔山羊和南江黄羊等6个群体(品种)进行检测。计算等位基因及频率、遗传杂合度、多态信息含量、遗传距离等和进行系统聚类分析，旨在探讨各群体(品种)的遗传多样性和群体遗传结构，结果如下：1．本研究筛选了16个微卫星位点，选择了其中扩增效果较好的11个位点，在6个群体(品种)262个样本中均得到较好的扩增。2．在11个位点上检测到了92个等位基因，平均每个位点检測到的等位基因数为8.36个，最少的为6个(ILSTS008、ILSTS087)，最多的为14个(SR-CRSP-8)。有效等位基因数在4.13～7.35之间，表明11个位点在6个山羊群体(品种)中多态性丰富。3．Hardy-Weinberg平衡检验结果表明：6个群体(品种)基本处于遗传不平衡状态，究其原因可能是随机交配体制发生偏移或者人工选择等。4．11个微卫星位点均为高度多态位点，多态信息含量达0.637～0.795，平均0.711，6个群体(品种)具有丰富的遗传多样性。6个群体(品种)平均位点杂合度在0.3425～0.4981，各个群体杂合度较低，纯合度较高。5．聚类分析表明：天府肉羊三个不同群体与成都麻羊、波尔山羊、南江黄羊的群体遗传关系与其育成历史和品种形成基本相符。以两种遗传距离为基础的UPGMA系统聚类和N-J系统聚类中，成都麻羊和南江黄羊单独聚为一类；Nei氏(1983)遗传距离UPGMA和N-J系统聚类中，天府肉羊的三个群体具有较近的遗传距离，其次是波尔山羊；以共祖遗传距离为基础的UPGMA和N-J系统聚类中，SAU-R和SAU-B具有较近的遗传距离，然后BOER与SAU-W依次聚类。