Cyanothece 51142染色体复制起始区的预测及验证

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Cyanothece 51142是一种具有固氮作用的海洋蓝细菌,在白天存在日光时进行光合作用,而在晚上进行固氮作用。2008年,Welsh等报道了它的全基因组序列,但是进行基因注释时,用传统的GC skew以及DnaA box分析方法不能确定它的复制起始区,而未能标注出复制起始区的基因序列。Feng Gao教授利用在线ori C预测软件Ori-Finder对其环形和线性染色体的复制起始区进行了预测,本课题对Feng Gao教授用Ori-Finder预测的Cyanothece 51142的染色体复制起始区的结果进行了验证,并得到了预期的实验结果。  首先,利用DNA重组技术得到包含环状及线状染色体ori C的克隆载体pEASY-T1-ori C及pEASY-T1-ori L,表达DnaA蛋白的表达载体pGEX-4T-1-DnaA,表达DnaA(IV)蛋白的表达载体pET28a-DnaA(IV),转化进入大肠杆菌DH5α、BL21及BL21(DE3)感受态细胞中构建了基因工程菌DH5α(pEASY-T1-ori C/pEASY-T1-ori L),BL21(pGEX-4T-1-DnaA)及BL21(DE3)(pET28a-DnaA(IV))。  其次,对BL21(pGEX-4T-1-DnaA)及BL21(DE3)(pET28a-DnaA(IV))的诱导条件经过一系列优化后确定了诱导表达条件,经过GST-tag及His-tag亲和层析纯化得到了DnaA(IV)蛋白并用于后续结合实验的验证。  最后,进行DnaA(IV)蛋白与Cyanothece 51142环状及线状染色体的ori C区的EMSA结合实验验证,验证显示实验结果与预期结果相符,证明DnaA(IV)蛋白能够与预测的ori C区呈现浓度依赖型结合,为ori C区的软件预测结果提供了实验佐证,实验结果显示软件预测结果的ori C区正确。
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