“十二五”期间,我国经济社会发展进入新的历史阶段,交通运输业以加快转变交通发展方式为主线、以科技进步与积极创新为重要支撑,以营改增的税制结构调整为主攻方向,积极推进现代交通运输业的发展进程。营改增指的是以增值税的征收取代营业税的征收；2012年元旦,上海市实行了“营改增”的试点,改革成效显著,实现了结构性减税的主要目标。2013年8月,扩大营改增税制改革范畴,在全国推行。2014年初进一步扩大营改增的行业试点范畴,涵盖铁路运输与邮政业。说明营改增作为增值税转型改革,己将交通运输行业全部加以囊括进去。营业税改征增值税的试点改革,是实施结构性减税的重大策略,旨在取缔企业重复缴纳营业税的现象,完善延伸二三产业的增值税抵扣链条；然而交通运输行业自从营改增后,税负反而大幅度上升,这一反常现象受到社会广泛关注。本文通过理论与实际相结合,从“营改增”的大背景出发,结合交通运输业的性质,通过认真细致的分析、总结大量文献,将昆明市交通运输企业的信息数据定位为研究主体,全面分析了交通运输业“营改增”的影响、改革的成效和改革中存在的问题。通过分析发现,目前昆明市交通运输业实施“营改增”政策后,存在企业税负上升、增值税税率偏高、增值税抵扣链条不完整以及税务机关征管难度加大等问题。针对发现的问题,本文从完善制度设计、完善纵向分配制度以及强化税收管理的角度,提出了如何进一步深化改革,完善相关政策的对策建议。